Mając na uwadze niejednoznaczność wielu przepisów podatkowych i pojawiające się rozbieżności interpretacyjne (nawet na poziomie sądów administracyjnych), rola tego instrumentu jest nie do przecenienia.
Wprowadzając przepisy o wiążących interpretacjach podatkowych ustawodawca postanowił zdyscyplinować właściwe organy odpowiedzialne za wydawanie interpretacji wiążąc je 3-miesięcznym terminem na ich wydanie. Niedotrzymanie tego terminu skutkuje uznaniem stanowiska przedstawionego przez podatnika we wniosku za prawidłowe. Jest to tzw. milcząca interpretacja. Od początku obowiązywania tych przepisów pojawiały się pewne wątpliwości w zakresie ich prawidłowego rozumienia (m.in. czy można pytać o zdarzenia hipotetyczne, w jakich sytuacjach organ może wydłużyć czas analizy zapytania, itp.). Większość z nich została rozstrzygnięta w drodze wyjaśnień resortu finansów lub w toku kolejnych nowelizacji przepisów. Niestety jedna z najważniejszych wątpliwości, a mianowicie ustalenie kiedy upływa trzymiesięczny termin na wydanie interpretacji, nie doczekała się jednoznacznego rozstrzygnięcia w przepisach. Z uwagi na dość istotne konsekwencje jakie niesie odpowiedź na to pytanie, 4 listopada 2008 r. Naczelny Sąd Administracyjny (NSA) podjął uchwałę, uznając, iż datą wydania interpretacji podatkowej jest moment jej doręczenia do podatnika. Oznaczało to, że nie ma znaczenia termin jej sporządzenia przez organ podatkowy (jak twierdziły wcześniej władze skarbowe). Spowodowało to, iż wbrew intencji i wiedzy organów podatkowych, wiele z wydanych interpretacji, które zostały dostarczone podatnikowi po upływie 3 miesięcy (choć wydanych zazwyczaj w trzymiesięcznym terminie), należało uznać za niewywołujące skutków prawnych, a stanowisko przedstawione przez podatnika w zapytaniu stawało się wiążące dla organów podatkowych. Nie kwestionując racjonalności takiego podejścia, trzeba przyznać, iż takie podejście otwierało jednakże możliwości wpływania na swoją sytuację prawno-podatkową np. podatnikom, którzy w sytuacji zbliżającego się upływu trzymiesięcznego terminu mogliby próbować opóźnić otrzymanie korespondencji aby zyskać cenne dni. Mając świadomość skutków uchwały podjętej przez NSA resort finansów próbował kwestionować takie podejście.
Taki stan trwał do 14 grudnia 2009 r. kiedy to cała Izba Finansowa NSA podjęła uchwałę, wskazując, iż za dzień wydania interpretacji uznaje się sporządzenie i podpisanie tego aktu. Niezależnie od powołanej argumentacji należy uznać, iż taka nieuzasadniona żadnymi zewnętrznymi okolicznościami zmiana podejścia NSA godzi w zasady pewności i zaufania do organów podatkowych. Ponadto takie rozstrzygnięcie powoduje, że podatnik nie będzie miał możliwości wyegzekwowania od organu interpretacji, która choć będzie obowiązywać, nie będzie dla podatnika dostępna (gdyż została już sporządzona a nie została jeszcze doręczona). Pytający, który nie otrzyma odpowiedzi w ciągu 3 miesięcy, nie będzie wiedział czy już zastosowanie ma milcząca interpretacja, czy też właściwy organ wyraził swoje stanowisko na czas, ale nie zdążył go jeszcze wysłać. Ponadto w praktyce trudno się spodziewać, aby doszło do sytuacji, w której organ wydający interpretację świadomie opatrzy ją datą późniejszą niż 3 miesiące od dnia otrzymania wniosku od podatnika. Dla podatnika zaś okoliczności przygotowywania i podpisywania interpretacji są nieweryfikowalne.
Przyjmując jednak rozstrzygnięcie wyrażone przez NSA w grudniu ubiegłego roku, które jak należy się spodziewać stanie się powszechnie obowiązujące, należy przyznać, iż żadne z dwóch przedstawionych rozwiązań dotyczących końca 3-miesięcznego terminu (czy byłby to dzień doręczenia czy podpisania interpretacji) nie jest wolne od wad. Należałoby zatem postulować wprowadzenie przez ustawodawcę innego rozwiązania, które pozwoliłoby uniknąć powyższych niedogodności. Takim rozwiązaniem mogłoby być przeniesienie na grunt procedury wydawania interpretacji podstawowej zasady obowiązującej podatników przy doręczaniu pism wyrażonej w art. 12 §6 Ordynacji podatkowej, zgodnie z którą termin doręczenia uważa się za dochowany, kiedy pismo zostaje przed jego upływem nadane w placówce pocztowej lub przesłane drogą elektroniczną. Aby jednak doszło do jej wprowadzenia konieczna byłaby jednoznaczna nowelizacja przepisów.