Od 1 stycznia 2010 r. zacznie zatem obowiązywać Dyrektywa Rady 2008/9/WE z 12 lutego 2008 r. do implementacji której Polska jako członek Unii Europejskiej była zobligowana. Dyrektywa określa m.in. zasady zwrotu podatku od wartości dodanej podatnikom niemającym siedziby w państwie członkowskim zwrotu, lecz mającym siedzibę Polsce. Nowe rozporządzenie Ministra Finansów w sprawie składania wniosków o zwrot podatku od wartości dodanej naliczonego w innym niż Rzeczpospolita Polska państwie członkowskim Wspólnoty Europejskiej przez podatników podatku od towarów i usług będzie nowością w polskim prawie podatkowym, wcześniej bowiem takiej regulacji w polskim prawie nie było. Rozporządzenie obowiązywać będzie od 1 stycznia 2010 r.

Należy pamiętać, iż każdy kraj członkowski zobowiązany jest do implementacji dyrektywy do swojego ustawodawstwa, a także o tym, iż dyrektywa daje swobodę w przypadku niektórych zapisów, i tak np. państwo członkowskie zwrotu może określić język, którego wnioskodawca ma używać celem przedstawienia informacji zawartych we wniosku o zwrot lub ewentualnych dodatkowych informacji. Dlatego też istotnym jest, aby w przypadku ubiegania się o zwrot podatku VAT zapłaconego w innym państwie członkowskim niż Polska, podmiot polski zapoznał się zarówno z przepisami krajowymi, przepisami państwa członkowskiego zwrotu a także omawianą dyrektywą.

Wnioski o zwrot podatku po raz pierwszy składane będą za pomocą środków komunikacji elektronicznej, co ważne za pośrednictwem właściwego dla podatnika naczelnika urzędu skarbowego. Termin właściwy do składania wniosków o zwrot VAT względem obecnie obowiązujących przepisów ulegnie wydłużeniu o trzy miesiące. Od roku 2010 wnioski składać będzie można do 30 września roku następującego po roku podatkowym, którego wniosek dotyczy.

Okres jakiego dotyczy wniosek o zwrot podatku podobnie jak obecnie nie może być dłuższy niż rok kalendarzowy ani krótszy niż trzy miesiące kalendarzowe. W drodze wyjątku wniosek o zwrot może odnosić się do krótszego okresu niż trzy miesiące tylko w przypadku, gdy dotyczy pozostałej części roku kalendarzowego.

Co ważne wniosek o zwrot będzie uznany za prawidłowo złożony, jeżeli podatnik przedstawi wszystkie wymagane przez przepisy rozporządzenia informacje. Są to m.in.: dane wnioskodawcy, dane dotyczące wniosku, opis rodzaju prowadzonej działalności- wg kodów, dane dotyczące rachunku bankowego, informacji dotyczące dokonanych transakcji.

Wstępnej weryfikacji wniosku o zwrot VAT dokonywać będzie urząd skarbowy właściwy dla wnioskodawcy. Właściwy naczelnik urzędu skarbowego nie przekaże wniosku do państwa członkowskiego zwrotu, w przypadku, gdy w okresie do którego odnosi się wniosek podatnik:

– nie był w Polsce zarejestrowany jako podatnik VAT;

– dokonywał wyłącznie dostawy towarów lub świadczenia usług zwolnionych od podatku;

– zwolniony był od podatku na podstawie art. 113 ustawy o VAT (drobni przedsiębiorcy, u których wartość sprzedaży opodatkowanej nie przekroczyła łącznie w poprzednim roku podatkowym kwoty 50 tys. zł. );

– był rolnikiem ryczałtowym korzystającym ze zwolnienia od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt. 3 ustawy o VAT.

W przypadku odmowy przekazania wniosku o zwrot VAT do państwa członkowskiego zwrotu, naczelnik właściwego urzędu skarbowego wnioskodawcy zobowiązany jest do powiadomienia o swojej decyzji wnioskodawcę także drogą elektroniczną.

W przypadku prawidłowej wstępnej weryfikacji po przekazaniu wniosku przez naczelnika urzędu skarbowego do administracji państwa członkowskiego zwrotu, państwo to niezwłocznie powiadania wnioskodawcę, także drogą elektroniczną, o dacie otrzymania wniosku. Od tej dany liczony będzie termin na dokonanie zwrotu.

Niezmiernie istotne dla podmiotów uprawnionych do zwrotu podatku od wartości dodanej są zapisy odnośnie terminu dokonania zwrotu. Zgodnie z dyrektywą podstawowym terminem na wydanie decyzji o wysokości zwrotu podatku VAT będą 4 miesiące od dnia otrzymania wniosku przez kraj członkowski zwrotu. W przypadku, gdy konieczne będzie pozyskanie dodatkowych informacji potrzebnych do podjęcia decyzji w sprawie dokonania zwrotu VAT, termin zwrotu podatku może zostać przedłużony i w zależności od państwa członkowskiego może wynosić co najmniej 6 miesięcy, licząc od dnia otrzymania wniosku przez państwo członkowskie zwrotu.

W przypadku przyjęcia wniosku o zwrot państwo członkowskie wypłaca zatwierdzoną kwotę zwrotu nie później niż w terminie 10 dni roboczych od momentu upływu 4-miesięcznego okresu przewidzianego na wydanie decyzji w sprawie zwrotu VAT.  W przypadku niedotrzymania terminu zwrotu państwo członkowskie będzie zobowiązany do wypłaty odsetek z tytułu opóźnienia w zwrocie podatku VAT.