Przepis art. 19 ust. 21 ustawy o VAT przewiduje szczególny obowiązek podatkowy z tytułu dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, należnych na podstawie odrębnych przepisów. W odniesieniu do tych płatności obowiązek podatkowy powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika. W takim przypadku obowiązek podatkowy na gruncie ustawy o VAT powstaje z chwilą faktycznego otrzymania przez aptekę kwoty refundacji i w odniesieniu do otrzymanej kwoty.
W związku z powyższym obowiązek podatkowy związany ze sprzedażą leków refundowanych powstaje dwukrotnie – po raz pierwszy w momencie sprzedaży towaru oraz po raz drugi z chwilą otrzymania refundacji poprzez uznanie rachunku bankowego podatnika.
Podstawą opodatkowania zgodnie z przepisem art. 29 ust. 1 ustawy o VAT jest obrót, przy czym obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży netto. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Jednocześnie jednak, obrót zwiększa się o otrzymane dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze mające bezpośredni wpływ na cenę (kwotę należną) towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika, pomniejszone o kwotę należnego podatku. Oznacza to, iż otrzymywane przez podatnika subwencje, dotacje i inne płatności tego rodzaju mające bezpośredni wpływ na cenę towarów i usług zawierają już w sobie należny podatek VAT.
Do dopłat, o których mowa w przytoczonym przepisie, stanowiących obrót będący podstawą opodatkowania, zaliczyć należy refundację za leki otrzymaną przez aptekę z Narodowego Funduszu Zdrowia. Tym samym w przypadku, gdy apteka otrzymuje zwrot części utraconych wpływów z tytułu stosowania obniżonych cen leków otrzymana refundacja podlega opodatkowaniu VAT, jako składnik ceny.
Na mocy art. 29 ustawy o VAT, w przypadku sprzedaży leków, obrotem podlegającym opodatkowaniu jest cała kwota należna otrzymana przez aptekę za sprzedane leki tj. kwota, którą płaci klient w momencie zakupu, jak też kwota otrzymana tytułem refundacji leków z Narodowego Funduszu Zdrowia, pomniejszone o wartość należnego podatku. W konsekwencji obrotem podlegającym opodatkowaniu podatkiem VAT jest zarówno należna kwota otrzymana od klienta za sprzedane leki, jak i otrzymana refundacja.
Stanowisko to potwierdzają także sądy administracyjne, w tym np. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku sygn. akt I Sa/Bk 26/10 z 25 lutego 2010 r.
Otrzymanie refundacji powinno być udokumentowane. Zgodnie z art. 106 ust. 1 ustawy o VAT podatnicy są zobowiązani wystawić fakturę stwierdzającą dokonanie sprzedaży. Apteka nie dokonuje dostawy towarów na rzecz NFZ, pomimo otrzymania kwoty refundacji. Zatem otrzymana dotacja nie może być dokumentowana fakturą VAT, gdyż nie stanowi sprzedaży w rozumieniu art. 2 pkt 22 ustawy o VAT (a przynajmniej czynności związane z refundacją nie stanowią dostawy leku na rzecz NFZ).
Jednakże, zgodnie z art. 111 ust. 1 ustawy o VAT, podatnicy dokonujący sprzedaży na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej oraz rolników ryczałtowych są zobowiązani ewidencjonować obrót i kwoty podatku należnego przy zastosowaniu kas rejestrujących. Apteka ewidencjując sprzedaż na rzecz osób fizycznych za pomocą kas rejestrujących powinna zaewidencjonować całą kwotę obrotu, tj. zarówno kwotę należną od klienta, jak i kwotę należnej, lecz jeszcze nieotrzymanej refundacji, gdyż obie te kwoty netto łącznie stanowią obrót.
W praktyce, jeśli już z chwilą wydania leku pacjentowi nastąpi zaewidencjonowanie kwoty należnej refundacji na kasie fiskalnej, w miesięcznych raportach fiskalnych wykazywane jest 100% wartości sprzedaży i należny od tej wartości podatek VAT. Podatek należny na koniec miesiąca dotyczy więc zarówno kwot otrzymanych od kupujących, jak i tych które mają zostać refundowane przez Narodowy Fundusz Zdrowia. Dlatego też do czasu wpływu refundacji na rachunek bankowy podatnika należy zmniejszyć obrót i podatek należny wynikające z raportów miesięcznych kas fiskalnych o kwoty przypadające na kwotę refundacji. (por. Interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 13 listopada 2009 r. o numerze ITPP1/443-839a/09/DM).
Należy podkreślić, iż spotykane jest także stanowisko, że otrzymanie takiej refundacji (dotacji) powinno być potwierdzone fakturą wewnętrzną. Przepis art. 106 ust. 7 ustawy o VAT stanowi, iż w przypadku czynności wymienionych w art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, a także importu usług wystawiane są faktury wewnętrzne. Faktury wewnętrzne są wystawiane także dla udokumentowania zwróconych kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze. Niektóre organy podatkowe wskazują, iż skoro zwrot dotacji dokumentuje się fakturą wewnętrzną, to również jej otrzymanie winno być udokumentowane tym samym rodzajem dokumentu. (por. Interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z 17 września 2008 r. o numerze IBPP1/443-880/08/AW).
Przepis art. 106 ust. 7 wskazuje jednak, iż faktura wewnętrzna winna być wystawiona dla udokumentowania zwróconych kwot dotacji, a nie otrzymanych kwot dotacji, dlatego należy przyjąć, iż otrzymanie dotacji może być dokumentowane w formie jakiegokolwiek innego dokumentu wewnętrznego, niekoniecznie będącego fakturą wewnętrzną.
