Zaznaczyć należy, iż wystąpienie przez organ podatkowy z powództwem do sądu powszechnego możliwe jest jedynie w toku postępowania podatkowego. Natomiast przez tok postępowania należy rozumieć okres od wszczęcia postępowania podatkowego do wydania decyzji przez organ drugiej instancji. Z opisywanym powództwem może wystąpić zarówno organ podatkowy (naczelnik urzędu skarbowego, dyrektor izby skarbowej, naczelnik urzędu celnego, dyrektor izby celnej, wójt, burmistrz, prezydent, starosta, marszałek województwa, samorządowe kolegium odwoławcze czy wreszcie Minister Finansów), jak również organ skarbowy (dyrektor urzędu kontroli skarbowej oraz Minister Finansów).

Wystąpienie z powództwem o ustalenie istnienia bądź nieistnienia stosunku prawnego lub prawa powinno nastąpić, gdy organ podatkowy posiada uzasadnione wątpliwości odnośnie treści danego stosunku prawnego lub prawa. Przepis art. 199a § 3 Ordynacji podatkowej wskazuje, iż o wątpliwościach co do istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa można mówić tylko wówczas, jeżeli w sprawie zostały zgromadzone dowody, które te wątpliwości rodzą. Niestety niejasne pozostaje czy i kiedy z okoliczności danej sprawy wynikają „wątpliwości” co do istnienia stosunku prawnego. Szczególne znaczenie przy rozstrzyganiu owych „wątpliwości” ustawodawca przypisuje w treści art. 199a § 3 Ordynacji podatkowej zeznaniu stron. W opinii autora wystąpienie z powództwem przez organ podatkowy do sądu powszechnego nie powinno mieć miejsca bez uprzedniego przesłuchania strony w charakterze świadka, chyba że strona odmówi składania zeznań. Niewątpliwie wątpliwości odnośnie istnienia stosunku prawnego zachodzą w przypadku, gdy twierdzenia stron umowy są ze sobą niezgodne lub nie znajdują potwierdzenia w innych dowodach.
Zgodnie z art. 199a § 3 Ordynacji podatkowej przedmiotem powództwa o ustalenie jest prawo lub stosunek prawny. Organ podatkowy można żądać ustalenia zarówno majątkowych, jak i niemajątkowych praw lub stosunków prawnych. Powództwo o ustalenie praw lub stosunków majątkowych może być wytoczone wówczas, gdy ustaleniu będzie podlegało np. prawo własności, istnienie należności za bezumowne korzystanie z lokalu. wola kontrahentów w wypadku omyłkowego oznaczenia nieruchomości w umowie sprzedaży. Z kolei powództwo o ustalenie praw lub stosunków prawnych niemajątkowych może dotyczyć ustalenia np. istnienia bądź nieistnienia małżeństwa.