Banki prowadzą również na zlecenie swoich klientów rachunki papierów wartościowych, rachunki depozytowe bądź rejestry, na których ewidencjonowane są papiery wartościowe. Banki na podstawie zawartych umów są niejednokrotnie zobowiązane do dokonywania na rzecz swoich klientów wypłat z tytułu odsetek od obligacji. Banki świadczą również usługę organizacji emisji i obrotu obligacjami komercyjnymi, w ramach której mogą pełnić funkcję agenta płatniczego, tj. podmiotu odpowiedzialnego za prawidłową organizację przepływów środków pieniężnych między emitentem, obligatariuszami i inwestorami. Bank wypłaca wówczas odsetki posiadaczom obligacji w imieniu emitenta obligacji. W sytuacji, gdy bank pośredniczy między emitentem a posiadaczem obligacji w wypłacie odsetek na rzecz nierezydenta będącego podatnikiem podatku dochodowego pojawia się pytanie, na kim spoczywa obowiązek poboru podatku u źródła – na banku czy na emitencie obligacji.

Zgodnie z art. 21 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej: „updop”), przychód osiągany przez nierezydentów na terytorium Polski z tytułu odsetek podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób prawnych w Polsce w wysokości 20% osiąganych z tego tytułu przychodów. Przy czym, powołany przepis stosuje się z uwzględnieniem umów w sprawie zapobiegania podwójnemu opodatkowaniu, których stroną jest Polska. Natomiast zgodnie z art. 26 ust. ustawy o PDOP osoby prawne, jednostki organizacyjne nieposiadające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne będące przedsiębiorcami, które dokonują wypłat z należności z tytułów wymienionych w art. 21 ust. 1 ustawy o PDOP, w tym z tytułu odsetek od obligacji, są obowiązane jako płatnicy, pobierać w dniu dokonania wpłaty zryczałtowany podatek dochodowy od tych wpłat. Jednakże, od należności z tytułu odsetek od papierów wartościowych wyemitowanych przez Skarb Państwa i zapisanych na rachunkach papierów wartościowych albo na rachunkach zbiorczych, wypłacanych na rzecz nierezydentów, zryczałtowany podatek dochodowy pobierają jako płatnicy osoby prowadzące te rachunki.

W świetle przytoczonych przepisów, że bank nie jest zobowiązany do pobrania podatku u źródła od wypłacanych odsetek od obligacji na rzecz nierezydentów jedynie wówczas, gdy obligacje zostały wyemitowane przez Skarb Państwa i są zapisane na rachunkach papierów wartościowych. Natomiast przepisy nie dają jasnej odpowiedzi na pytanie, czy bank powinien jako płatnik pobrać odsetki od obligacji, gdy jedynie pośredniczy w ich wypłacie jako agent płatniczy lub agent emisji.

W wydawanych interpretacjach Minister Finansów twierdzi, że bank jako agent emisji jedynie pośredniczy w zbyciu obligacji, jednak to nie on jest dłużnikiem z tytułu emisji obligacji, jest nim ich emitent. Zdaniem Ministra Finansów, płatnikiem z tytułu wypłaty odsetek od obligacji jest podmiot wypłacający odsetki (dyskonto), czyli strona stosunku zobowiązaniowego, która jako dłużnik zobowiązana jest do wypłaty wynagrodzenia za udostępniony kapitał (np. interpretacja indywidualna z dnia 2 czerwca 2011 r., znak: IPPB5/423-251/11-2/AM). Bank dokonuje jedynie technicznego udostępnienia środków finansowych dłużnika, stąd nie ciąży na nim obowiązek poboru zryczałtowanego podatku.