Pamiętać należy, iż stosownie do treści art. 9 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (dalej: ustawa o PIT), opodatkowaniu podatkiem dochodowym podlegają wszelkiego rodzaju dochody, z wyjątkiem dochodów od których na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej zaniechano poboru podatku. Natomiast na mocy art.12 ust.1 ustawy o PIT za przychody ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy uważa się wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne oraz wartość pieniężną świadczeń w naturze bądź ich ekwiwalenty, bez względu na źródło finansowania tych wypłat i świadczeń, a w szczególności: wynagrodzenia zasadnicze, wynagrodzenia za godziny nadliczbowe, różnego rodzaju dodatki, nagrody, ekwiwalenty za nie wykorzystany urlop i wszelkie inne kwoty niezależnie od tego, czy ich wysokość została z góry ustalona, a ponadto świadczenia pieniężne ponoszone za pracownika, jak również wartość innych nieodpłatnych świadczeń lub świadczeń częściowo odpłatnych.

W pojęciu wynagrodzenia za pracę mieści się zarówno system wynagrodzenia za pracę jak i jego poszczególne składniki (wynagrodzenia zasadnicze, premia, dodatki płacowe). Natomiast przez inne świadczenia związane z pracą należy rozumieć zarówno świadczenia pieniężne (np. za czas przestoju) jak i świadczenia w naturze (np. różnego rodzaju deputaty). Do wynagrodzeń i innych świadczeń pracowniczych zaliczają się tylko te, które są bezpośrednio związane ze stosunkiem pracy i które może otrzymać tylko ten podatnik, którego z pracodawcą łączy stosunek pracy.

Określone powyżej przepisy wskazują, iż nieodpłatny dowóz pracowników do miejsca pracy stanowi nieodpłatne świadczenie dla pracownika, które powinno zostać opodatkowane. W związku z tym pracodawca jest zobligowany do ustalenia wartości tego świadczenia i pobrania zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych (art. 11 i 12 ustawy o PIT). Tak samo pracodawca musi postąpić w sytuacji, gdy dopłaty do wydatków na dojazdy gwarantuje pracownikom np. układ zbiorowy pracy, regulamin pracy czy inne przepisy wewnątrzzakładowe.

Co więcej, z orzecznictwa organów podatkowych wynika, iż finansowanie przez pracodawcę przewozu pracowników to świadczenie, które polega na samym umożliwieniu pracownikom skorzystania z przewozy. W ten sposób wypowiedział się m.in. Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu w interpretacji indywidualnej z dnia 29 kwietnia 2008 r. (sygn. ILPB1/415-85/08-2/RP), zgodnie z którą o powstaniu obowiązku podatkowego po stronie pracownika nie decyduje to, ile razy pracownik faktycznie skorzystał z przewozu zorganizowanego przez zakład pracy (w ramach umowy z przewoźnikiem), lecz sama możliwość  otrzymania świadczenia w postaci przewozu do miejsca pracy.

Należy jednak zauważyć, iż wartość otrzymanego od pracodawcy nieodpłatnego świadczenia stanowi przychód dla pracownika z tytułu stosunku pracy pod warunkiem, iż możliwe jest ustalenie wartości tego świadczenia przypadającego na poszczególnych pracowników. Na takim stanowisku stanął Sąd Najwyższy w wyroku z 24 października 2003 r. (sygn. akt III RN 8/03) oraz Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 3 czerwca 1998 r. (sygn. akt I SA/Ka 1719/96).

W tym miejscu należy również zaznaczyć, iż wolne od podatku dochodowego od osób fizycznych są dochody wymienione w art.21 ustawy o PIT. Zwolnienia wyliczone są w tym artykule enumeratywnie, tworząc zamknięty katalog, który nie może być w żaden sposób modyfikowany przez podatników. Co prawda w art.21 ust.1 pkt 112 przewidziano zwolnienie od podatku dochodowego od osób fizycznych zwrotu kosztów dojazdu pracownika do zakładu pracy, jednakże jedynie w sytuacji, gdy obowiązek ponoszenia tych kosztów przez zakład pracy wynika wprost z przepisów innych ustaw. Zasada ta dotyczy jednak szczególnych grup zawodowych. Otóż zwrot kosztów dojazdu do miejsca pracy (pełnienia służby) przewidują przepisy ustawy o Prokuraturze, Policji, Straży Granicznej i Prawa o ustroju sądów powszechnych (w stosunku do sędziów). Natomiast w innych przypadkach konieczne jest opodatkowanie nieodpłatnego przewozu pracownika podatkiem dochodowym od osób fizycznych.