Jeśli w podmiocie dominuje schemat przygotowywania budżetów przyrostowych, opierających się na danych z poprzednich okresów sprawozdawczych czasami może to prowadzić do usztywnienia postaw i szablonowego podejścia do opracowywania prognoz. Pracownicy odpowiedzialni za poszczególne części mnożą po prostu dane z poprzednich okresów budżetowych przez odpowiedni współczynnik i uzyskują dane na kolejny czas. Prowadzi to znacznych zniekształceń i dysfunkcji budżetu. Budżetowaniu zarzuca się również, że nie odzwierciedla zmian, jakie następują w organizacji i nie reaguje wystarczająco szybko na zmiany w otoczeniu konkurencyjnym.
Stwierdzenie, że budżetowanie nie daje wystarczających podstaw do oceny działań pracowników oraz do ich motywowania wynika przede wszystkim z obserwacji podmiotów, w których funkcjonuje budżetowanie odgórne, w którym pracownicy są jedynie rozliczani z narzucanych im odgórnie często zadań niedopasowanych do sytuacji i rodzaju komórki organizacyjnej, bądź procesu gospodarczego.
Najczęściej wymieniane zarzuty możemy, więc ująć w czterech głównych grupach:
– korzyści z budżetowania nie są współmierne z ponoszonymi nakładami;
– współfukcjonowanie budżetowania i innych instrumentów zarządzania przedsiębiorstwem jest niewystarczające a czasami nawet niemożliwe w praktyce;
– pomiar dokonań menedżerów poprzez stopień wykonania budżetu jest niewystarczający;
– budżetom brak dynamiki i elastyczności w dopasowywaniu się do zmieniającego się otoczenia.
Krytycy budżetowania tradycyjnego wskazują, że korzyścią z jego rezygnacji jest duża oszczędność czasu pracy kierowników i podwładnych włączonych wcześniej w tworzenie, korygowanie i monitorowania budżetów, zauważana w pierwszym roku po zaniechaniu budżetowania. Ważniejsze powinny być jednak długookresowe korzyści związane z bardziej radykalnym myśleniem, większą odpowiedzialnością kierowników najniższych szczebli zarządzania oraz szybszym podejmowaniem decyzji w przedsiębiorstwie.