Jednocześnie, art.8 ust. 2a updop wskazuje, że u podatników, którzy rozpoczęli działalność w drugiej połowie roku kalendarzowego i wybrali rok podatkowy pokrywający się z rokiem kalendarzowym, pierwszy rok podatkowy może trwać od dnia rozpoczęcia działalności do końca roku kalendarzowego następującego po roku, w którym rozpoczęto działalność (tzw. przedłużony pierwszy rok podatkowy). Jak wskazał WSA w Rzeszowie w wyroku z 23 stycznia 2007 roku (I SA/Rz 654/06) – wybranie takiego „przedłużonego pierwszego roku podatkowego” nie wymaga zawiadomienia organów podatkowych (tak również np. Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach z 22 maja 2009 r., IBPBI/2/423-280/09/CzP).

Zgodnie z ustawą z 25 listopada 2010 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne [Ustawa nowelizująca] nowe przepisy updop (uniemożliwiające m.in. amortyzację w spółce kapitałowej od wartości rynkowej składników majątkowych, które nie były ujawnione w ewidencji zbywcy) wchodzą w życie od 1 stycznia 2011 r. (i mają zastosowanie do dochodów i strat uzyskanych/poniesionych od tego dnia.

Jednak podatnicy, u których „ rok podatkowy jest inny niż kalendarzowy i rozpoczął się przed dniem 1 stycznia 2011 r. stosują do końca przyjętego przez siebie roku podatkowego przepisy ustawy wymienione w art. 2, w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2010 r.”.

Celem niniejszego przepisu przejściowego jest realizacja zasady (wynikającej z orzecznictwa Trybunału Konstytucyjnego), że przepisy ustaw o podatku dochodowym nie mogą ulegać zmianie na niekorzyść podatników w trakcie roku podatkowego. Moim zdaniem, zasada ta dotyczyć powinna również podatników z przedłużonym pierwszym rokiem podatkowym. Potwierdza to również wykładnia literalna przepisów przejściowych (pierwszy rok podatkowy „przedłużony” nie odpowiada bowiem kalendarzowemu, gdyż jest od niego dłuższy). Oznacza to, że nowe zasady amortyzacji dla takich podatników z przedłużonym pierwszym rokiem podatkowym nie znajdą zastosowania od 1 stycznia 2011 r.

Możliwa jest jednak również taka interpretacja przepisów przejściowych (nie uwzględniająca celu wprowadzenia tych przepisów), że  stare przepisy updop (przez określony czas) będą mogli stosować tylko podatnicy, których „rok podatkowy jest inny niż kalendarzowy”  i rok ten rozpoczął się przy tym przed dniem 1 stycznia 2011 r. Organy podatkowe mogą więc argumentować, że roku podatkowy co do zasady odpowiada kalendarzowemu (a jedynie pierwszy rok jest przedłożony i trwa dłużej niż 12 miesięcy) – zatem od 1 stycznia 2011 r. należałoby stosować nowe przepisy updop (taką interpretację zaprezentował np. Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 9 grudnia 2009 r, ITPB3/423-608/09/PS). Taka literalna interpretacja przepisów nie jest jednak prawidłowa i nie uwzględnia celu wprowadzania przepisów przejściowych (tj. zakazu zmian na niekorzyść podatników w trakcie roku podatkowego).