Możliwość anulowania faktur VAT po raz pierwszy potwierdziło Ministerstwo Finansów w piśmie z dnia 8 czerwca 1996 r. (Nr PP1-7201-220/95/ER), które pozostaje aktualnym w obecnie obowiązującym stanie prawnym. Ponadto powyższe zagadnienie stało się przedmiotem orzecznictwa Naczelnego Sądu Administracyjnego, który w wyroku z 19 grudnia 2000 r. (sygn. akt III SA 1715/99) stwierdził, że “(…) możliwość „anulowania” faktur (…), mimo że nie jest dopuszczona wyraźnie przez ustawę o VAT, należy zaaprobować jako praktyczną i realną drogę „wycofania się” podatnika z błędnego wystawienia dokumentu rozliczeniowego. Jednak powinna ona dotyczyć wyłącznie tych dokumentów rozliczeniowych (faktur), które nie zostały wprowadzone przez podatnika do obrotu prawnego (np. poprzez doręczenie ich kontrahentom)”. Powyższe zostało również potwierdzone przez najnowsze orzecznictwo organów podatkowych wq postaci indywidualnych interpretacji podatkowych wydanych przez Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie w dniu 30 lipca 2009 r. (sygn. akt IPPP1-443-535/08-11/S/AK/JB) oraz Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu w dniu 21 maja 2009 r. (sygn. akt ILPP2/443-352/09-2/ISN).

W świetle zaprezentowanych poglądów można sformułować wniosek, że anulowanie faktury VAT jest dopuszczalne przy zachowaniu łącznie dwóch warunków. Po pierwsze, anulować można jedynie fakturę wystawioną w związku z transakcją, która faktycznie nie miała miejsca, czyli faktura taka nie dokumentuje sprzedaży. Po wtóre, można anulować tylko taką fakturę VAT, której nie wprowadzono do obrotu, czyli nie została ona rozliczona ani przez sprzedawcę (nie wykazał on podatku należnego), ani przez nabywcę (nie odliczył podatku naliczonego).

Podkreślić należy, iż jeżeli wystawiona faktura dokumentuje dokonanie sprzedaży, w żadnym wypadku nie jest dopuszczalne jej anulowanie. Możliwość taka powstanie dopiero wówczas, gdy wystawienie błędnej faktury nastąpiło w oderwaniu od konkretnej transakcji sprzedaży. W takiej sytuacji należy jeszcze upewnić się czy omyłkowo wystawiona faktura nadal znajduje się w posiadaniu podatnika lub czy kontrahent dokonał jej rozliczenia. Trzeba bowiem podkreślić, iż z chwilą wprowadzenia faktury do obiegu nie jest już możliwe jej anulowanie. W tej sytuacji konieczne będzie wystawienie faktury korygującej.