Jednocześnie trzeba podkreślić, że to na organie podatkowym ciąży obowiązek czuwania nad tym, aby nie posłużyć się w postępowaniu podatkowym dowodem sprzecznym z prawem. Jako przykład dowód sprzecznych z prawem można podać wykorzystanie dowodu z zeznań uzyskanych od osoby, która nie może być świadkiem.
Ordynacja podatkowa nie wprowadza hierarchii mocy dowodowej wymienionych w niej środków dowodowych. Wszystkie środki dowodowe korzystają więc z jednakowej mocy dowodowej. Jednakże pewne środki dowodowe korzystają ze szczególnych domniemań wzmacniających ich moc dowodową. Jednym z nich jest dowód z dokumentu urzędowego, który – o ile spełnia warunki określone w art. 194 § 1 Ordynacji podatkowej – stanowi dowód tego, co zostało w nim urzędowo stwierdzone. Innym tego rodzaju dowodem są księgi podatkowe prowadzone rzetelnie i w sposób niewadliwy, które stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów (zobacz komentarz do art. 193 § 1 Op). W obu przypadkach wynikające ze wskazanych dowodów fakty traktuje się jako udowodnione, bez potrzeby prowadzenia innych dowodów.
Trzeba jednak pamiętać, że czym innym jest kwestia samego dowodu, a czym innym obowiązek spełnienia pewnych wymogów formalnych w celu np. odliczenia podatku naliczonego w przypadku podatku VAT. Przepisy chociażby w tym przypadku wskazują, że odliczenie VAT nie jest możliwe bez posiadania faktury dokumentującej nabycie na terenie Polski towarów lub usług. Nawet w przypadku posiadania stosownych dowodów na wykonanie usługi, czy też dokonanie nabycia towarów, podatnik nie będzie mógł odliczyć podatku naliczonego.
Z kolei jeżeli przepisy nie określają, w jaki sposób udowadniać daną okoliczność (np. poniesienie kosztu uzyskania przychodów), podatnik ma prawo do posługiwania się dowodami, o którym mowa w art. 180 Ordynacji podatkowej.
Radosław Żuk, redaktor naczelny TaxFin.pl