Zgodnie z art. 82 ust. 1 ustawy, nie można równocześnie podejmować i prowadzić więcej niż jednej kontroli działalności przedsiębiorcy. W drugim zdaniu tego przepisu wymieniono sytuacje, w których powyższego zakazu nie stosuje się. Możliwość podjęcia w tym samym czasie więcej niż jednej kontroli istnieje m.in. w przypadku, gdy przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska naturalnego oraz w sytuacji, gdy kontrola jest prowadzona w toku postępowania prowadzonego na podstawie przepisów ustawy z dnia 16 lutego 2007 r. o ochronie konkurencji i konsumentów.
W myśl art. 82 ust. 2, jeżeli działalność gospodarcza przedsiębiorcy jest już objęta kontrolą innego organu, organ kontroli odstąpi od podjęcia czynności kontrolnych oraz może ustalić z przedsiębiorcą inny termin przeprowadzenia kontroli. Ten przepis zmienił się poprzez dodanie słowa „może” do sformułowania o ustaleniu innego terminu kontroli. Wcześniej organy kontroli były zobligowane do wspólnego z przedsiębiorcą ustalenia innego terminu kontroli.
W przepisach art. 84 i 84a ustawy zawarto wyłączenia stosowania zakazu równoczesnej kontroli ze względu na rodzaj działalności przedsiębiorcy. Ograniczenia te odnoszą się m.in. do przedsiębiorców objętych nadzorem sanitarnym, weterynaryjnym, szczególnym nadzorem podatkowym na podstawie ustawy o Służbie Celnej czy też do różnego typu instytucji finansowych.
Na podstawie art. 84 b ustawy zakaz równoczesnej kontroli wyłączono także w odniesieniu do kontroli wszczętej w toku postępowania, prowadzonego w wyniku złożenia przez przedsiębiorcę wniosku we własnej sprawie. Oznacza to, że w przypadku gdy kontrola będzie następstwem złożenia wniosku przez podatnika (np. wniosku o udzielenie indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego), nie będzie przeszkód do podjęcia w tym samym czasie kontroli przez inny organ.
Kluczowym, dla prowadzonej w niniejszej opinii analizy, jest obowiązujący od 7 marca 2009 r., przepis art. 84c ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Na podstawie tej regulacji prawnej przedsiębiorcy uzyskali prawo do wniesienia sprzeciwu w przypadku prowadzenia kontroli z naruszeniem przepisów prawa. Stosownie do art. 84c ust. 1 ustawy, przedsiębiorca może wnieść sprzeciw wobec podjęcia i wykonywania przez organy kontroli czynności z naruszeniem m.in. przepisów art. 82 ust. 1, z zastrzeżeniem art. 84d ustawy. Tak więc w przypadku naruszenia przez organy zakazu równoczesnego przeprowadzania kontroli, przedsiębiorca ma prawo do wniesienia sprzeciwu. Zgodnie z art. 84c ust. 2 sprzeciw przedsiębiorca wnosi na piśmie do organu podejmującego i wykonującego kontrolę. O wniesieniu sprzeciwu przedsiębiorca zawiadamia na piśmie kontrolującego. Sprzeciw wnosi się w terminie 3 dni roboczych od dnia wszczęcia kontroli przez organ kontroli. Przedsiębiorca musi uzasadnić wniesienie sprzeciwu (Art. 84c ust. 3).
Warto dodać, iż zgodnie z art. 84c ust. 5 ustawy wniesienie sprzeciwu powoduje wstrzymanie czynności kontrolnych przez organ kontroli, którego sprzeciw dotyczy, z chwilą doręczenia kontrolującemu zawiadomienia o wniesieniu sprzeciwu do czasu rozpatrzenia sprzeciwu, a w przypadku wniesienia zażalenia do czasu jego rozpatrzenia.
Po wniesieniu sprzeciwu organ kontroli ma 3 dni robocze na rozpatrzenie sprzeciwu oraz wydanie postanowienia. W postanowieniu organ może zdecydować o (art. 84c ust.9) odstąpieniu od czynności kontrolnych lub kontynuowaniu czynności kontrolnych. W myśl art. 84c ust. 10 ustawy, na powyższe postanowienie przedsiębiorcy przysługuje zażalenie w terminie 3 dni od dnia otrzymania postanowienia. Rozstrzygnięcie zażalenia następuje w drodze postanowienia, nie później niż w terminie 7 dni od dnia jego wniesienia. Organ kontroli na podstawie art. 84c ust. 11 ustawy, może kontynuować czynności kontrolne od dnia, w którym postanowienie o kontynuowaniu czynności kontrolnych doręczono przedsiębiorcy, a w przypadku wniesienia zażalenia, od dnia doręczenia przedsiębiorcy postanowienia, o którym mowa w ust. 10.
Jak wynika zatem z przedstawionych przepisów, organ kontrolujący sam rozpatruje sprzeciw przeciwko podjęciu równoczesnej kontroli, a także ewentualne zażalenie na wydane przez siebie postanowienie w tej sprawie. Rodzi to obawy, że organy będą nadużywały możliwości kontynuowania kontroli mimo zgłoszenia sprzeciwu. W takiej sytuacji przedsiębiorca będzie mógł wnieść żądanie stwierdzenia nieważności postanowienia na podstawie art. 126 w zw. z art. 156-159 Kodeksu postępowania administracyjnego (k.p.a.). Wynika to z przepisu art. 84c ust. 16 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, który do postępowania dotyczącego sprzeciwu wobec podjęcia kontroli każe stosować odpowiednio przepisy k.p.a.
W przypadku, gdy organ wyższego stopnia stwierdzi, że postanowienie organu kontrolującego jest nieważne, przedsiębiorca, na podstawie art. 77 ust. 4 ustawy, będzie mógł domagać się odszkodowania. Ponadto na podstawie art. 77 ust. 6, dowody przeprowadzone w toku kontroli przez organ kontroli z naruszeniem przepisów prawa, nie mogą stanowić dowodu w żadnym postępowaniu administracyjnym, podatkowym, karnym lub karno-skarbowym dotyczącym kontrolowanego przedsiębiorcy.
Ponadto należy wskazać, iż przedsiębiorca nie będzie mógł wnieść sprzeciwu, jeżeli organ przeprowadzając kontrolę powoła się na przepisy art. 79 ust. 2 pkt 2, art. 80 ust. 2 pkt 2, art. 82 ust. 1 pkt 2, art. 83 ust. 2 pkt 2 i art. 84a. Zgodnie z tym przepisem sprzeciw na podjęcie równoczesnej kontroli nie będzie możliwy m.in. w przypadku, gdy organ uzna, iż przeprowadzenie kontroli jest niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia.