Specyfika czynności sprawdzających polega na tym, iż nie są one nakierowane na merytoryczną kontrolę działania podatnika lecz ich celem jest formalna weryfikacja poprawności danych wykazanych w deklaracjach i dokumentach przekazanych organom podatkowym. Dane te mogą być weryfikowane jedynie w drodze czynności materialno-technicznych, bez konieczności wszczynania postępowania podatkowego i wydawania decyzji w sprawie. Warto jednak pamiętać, że dowody  zgromadzone w toku czynności sprawdzających (dane, dokumenty itp.) mogą być dowodami w „zwykłym” postępowaniu podatkowym, tj. postępowaniu, które kończy się decyzją organu podatkowego.

Zgodnie z art. 272 Ordynacji podatkowej czynności sprawdzające mają na celu m.in. sprawdzenie terminowości składania deklaracji oraz wpłacania zadeklarowanych podatków (także pobieranych przez płatników i inkasentów), a także zbadanie formalnej poprawności deklaracji i dowodów wpłaty podatków. Ponadto, w trakcie czynności sprawdzających organ podatkowy może ustalać stan faktyczny w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności tego stanu z przedstawionymi dokumentami.

Czynności sprawdzające może prowadzić także minister finansów lub organ podatkowy przez niego upoważniony w zakresie wymiany z Państwami Członkowskimi Unii Europejskiej informacji o podatku od towarów i usług, przy czym odnosić się one mogą wyłącznie do dokumentów składanych do tego organu.

Do prowadzenia czynności sprawdzających stosuje się odpowiednio przepisy Ordynacji podatkowej dotyczące zasad ogólnych postępowania podatkowego, strony, doręczeń, wezwań, protokołów i adnotacji, udostępniania akt, postanowień, zażaleń oraz kosztów postępowania.