Niestety mechanizm ustalania proporcji sprzedaży przewidziany w przepisach ustawy o podatku od towarów i usług jest niezmiernie skomplikowany, w związku z czym przysparza wiele problemów podatnikom.

Przypomnijmy, iż generalną zasadą obowiązującą w podatku VAT, wyrażoną w art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, jest jego neutralność, która jest realizowana poprzez prawo do odliczenia podatku naliczonego w związku z nabyciem towarów i usług na potrzeby czynności opodatkowanych. Odstępstwem od powyższej reguły jest odliczanie podatku naliczonego w oparciu o tzw. współczynnik sprzedaży. Należy pamiętać, że przy nabyciu towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika zarówno do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, jest on zobowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego, związanych z każdym rodzajem działalności (art. 90 ust. 1 ustawy o VAT). W sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, część kwoty podatku naliczonego podlegającego odliczeniu należy ustalić na podstawie tzw. proporcji. Co oznacza, iż podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego

W myśl art. 90 ust. 3 ustawy o VAT proporcję ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo. Podstawą obliczenia proporcji jest roczny obrót z tytułu danego rodzaju czynności. Mimo iż przepisy tego wyraźnie nie stanowią, należy przyjąć, że przez pojęcie „roczny obrót” należy rozumieć obroty wygenerowane w trakcie danego roku kalendarzowego. W niektórych przypadkach – w związku z przepisami ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych – podatnicy mogą mieć pewien problem formalny z ustaleniem tej proporcji. Niektórzy podatnicy stosują bowiem inny niż kalendarzowy rok podatkowy. Art. 90 w stosunku do regulacji dotyczących proporcji posługuje się pojęciem „rok podatkowy”, co może sugerować, że w takich przypadkach podatnicy rozliczający się na potrzeby podatku dochodowego od osób prawnych za rok podatkowy inny niż kalendarzowy, również na potrzeby podatku od towarów i usług stosują proporcję obliczoną na podstawie „rocznych” obrotów uzyskanych w ich roku podatkowym (czyli innym niż kalendarzowy). Należy jednak mieć na uwadze, iż w myśl art. 11 Ordynacji podatkowej rokiem podatkowym jest rok kalendarzowy, chyba że ustawa podatkowa stanowi inaczej. Tym samym z racji tego, iż ustawa o VAT nie posługuje się pojęciem roku podatkowego innego niż kalendarzowy, dla obliczenia wskaźnika proporcji należy przyjąć obrotu z całości roku kalendarzowego.

Proporcję, o której mowa w art. 90 ustawy o VAT ustala się procentowo w stosunku rocznym na podstawie obrotu osiągniętego w roku poprzedzającym rok podatkowy, w odniesieniu do którego jest ustalana proporcja. Proporcję tę zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej.

Przykład:
Proporcja ustalona zgodnie z regułami wyrażonymi w art. 90 ust. 2 ustawy i VAT wynosiła 95,01 %, tym samym po zaokrągleniu należy odliczać podatek naliczony w oparciu o proporcję w wysokości 96 %.

Obliczając strukturę sprzedaży podatnik nie powinien uwzględniać obrotu uzyskanego z dostawy środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, oraz gruntów i praw wieczystego użytkowania gruntów, jeżeli zostały one zaliczone do środków trwałych nabywcy  W proporcji nie uwzględnia się też obrotu uzyskanego z tytułu otrzymanych dotacji, które nie podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT, a także z tytułu sporadycznych transakcji dotyczących nieruchomości, usług w zakresie pośrednictwa finansowego.

Należy zwrócić uwagę, iż w ustawie o VAT brak jest definicji „sporadyczności” transakcji, w związku z czym w praktyce licznie występują problemy z ustaleniem czy dane transakcje należy uwzględnić przy obliczaniu proporcji czy też je ze struktury sprzedaży wyłączyć. W tym przypadku, należy odwołać się do orzecznictwa  Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, a w szczególności do orzeczenia w sprawie C-77/01: Empresa de Desenvolvimento Mineiro SGPS SA oraz C-306/94: Régie Dauphinoise – Cabinet A. Forest SARL, zgodnie z którym „ (…) podstawowy kryterium oceny, czy dana transakcja może być uważana za sporadyczną (okazjonalną) jest okoliczność jej dokonania, nie zaś wartość lub liczba danego typu transakcji, które podmiot jako podatnik VAT wykonuje.” Natomiast w odniesieniu do transakcji finansowych ETS stwierdził, że takie transakcje mogą być traktowane jako sporadyczne, jeżeli podatnik wykorzystuje do ich świadczenia w bardzo małym stopniu towary i usługi opodatkowane VAT. Transakcja nie może zostać uznana za sporadyczną, jeżeli stanowi bezpośrednią, stałą i istotną część działalności gospodarczej podatnika.

Stosownie do art. 90 ust. 10 ustawy o VAT podatnicy nie posiadają obowiązku odliczania podatku naliczonego w oparciu o współczynnik sprzedaży w przypadku, gdy proporcja przekroczyła 98 % lub gdy nie przekroczyła 2 %. W pierwszej ze wskazanych sytuacji, podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości, natomiast w drugim przypadku podatnik traci w całości prawo do odliczenia podatku naliczonego.