W ramach umowy factoringu niepełnego sprzedający wierzytelność, czyli faktorant, dostaje od faktora przed wskazanym w fakturze terminem płatności, określoną w niej kwotę, pomniejszoną o należne faktorowi prowizje i odsetki dyskontowe. Faktor na początku płaci znaczną część sumy (np. 90% należności) z tytułu transakcji, wykazanej w dokumentach, a pozostałą część pomniejszoną o prowizje dopiero po uzyskaniu zapłaty od odbiorcy. Z chwilą zapłaty należności wygasa zobowiązanie wobec faktora z tytułu postawionych do dyspozycji faktoranta środków. Niespłacone na czas należności faktor zwraca i żąda zwrotu wstępnie przekazanych faktorantowi środków.

Przy transakcjach gospodarczych w walutach obcych powstanie podatkowych różnic kursowych wynika m.in. z tego, iż przychody należne i przychody otrzymane są wykazywane w różnych terminach, w których co do zasady, występują różne kursy walut. Podatkowe różnice kursowe zostały kompleksowo uregulowane w art. 15a ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej: ustawa o PDOP), według formuły, iż dodatnie różnice kursowe wpływają na przychody, a ujemne na koszty podatkowe.

Przy transakcjach gospodarczych dodatnie różnice kursowe zwiększają przychody podatkowe, jeżeli m.in. wartość przychodu należnego wyrażonego w walucie obcej po przeliczeniu na złote według kursu średniego ogłaszanego przez NBP jest niższa od wartości tego przychodu w dniu jego otrzymania, przeliczonej według faktycznie zastosowanego kursu waluty z tego dnia (art. 15a ust. 2 pkt 1 ustawy o PDOP). W odwrotnej sytuacji powstają ujemne różnice kursowe, które zwiększają koszty podatkowe, tj. w sytuacji gdy wartość przychodu należnego wyrażonego w walucie obcej po przeliczeniu na złote według kursu średniego ogłaszanego przez NBP jest wyższa od wartości tego przychodu w dniu jego otrzymania, przeliczonej według faktycznie zastosowanego kursu waluty z tego dnia (art. 15a ust. 3 pkt 1 ustawy o PDOP).

Należy jednak zauważyć, że sprawa różnic kursowych przy factoringu nie jest jednoznacznie uregulowana w przepisach prawa podatkowego i w gruncie rzeczy może być oceniona w różny sposób, a zwłaszcza w odniesieniu do factoringu niepełnego. Praktyka skarbowa wskazuje, że organy podatkowe mogą domagać się rozpoznania różnic kursowych ze względu na każdą z dokonanych przez faktora płatności. Mając zatem na uwadze bezpieczeństwo rozliczeń podatkowych wskazanym jest przyjęcie zasady, iż obowiązek rozpoznania dodatnich lub ujemnych różnic kursowych w związku z realizacją płatności wynikających z umowy factoringu niepełnego, powstaje w dniu, w którym faktor przeleje na rachunek faktoranta należność wynikającą z zawartej umowy factoringu.  Tym samym, będzie to dzień otrzymania każdej z rat płatności, tj. 90% zapłaty, a następnie pozostałych 10%. Takie stanowisko zaprezentował m.in. Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji indywidualnej z 23 kwietnia 2009 r., nr ITPB1/415-97/09/MR.

Niemniej jednak, wskazać należy, że istnieją  istotne argumenty prawne, przemawiające za tym, że w przypadku factoringu niepełnego, w sytuacji otrzymywania od faktora jedynie częściowych płatności za wierzytelności, np. 90% nie dochodzi do powstania podatkowych różnic kursowych.  Należy bowiem wskazać, że z uwagi na warunkowy charakter tych transakcji (regres), wątpliwości budzić fakt, czy taka otrzymana wpłata powinna być rozumiana jako definitywna „zapłata” należności z wystawionej faktury, stanowiąca podstawę do rozpoznania podatkowych różnic  kursowych w świetle regulacji ustawy o PDOP.

Na taką konkluzję, bezpośrednio ma wpływ warunkowa zapłata, która nie stanowi ostatecznej zapłaty, bowiem w sytuacji nie zrealizowania się wszystkich warunków umowy, wpłata ta podlegać będzie zwrotowi do faktora. Tym samym, jej warunkowy charakter, daje możliwość argumentowania, iż rozpoznawanie podatkowych różnic kursowych powinno mieć miejsce dopiero po ostatecznym rozliczeniu transakcji. Niemniej jednak, bezpieczne rozpoznawanie tych różnic kursowych – dodatnich lub ujemnych w rachunku podatkowym faktoranta – dopiero w momencie pełnej zapłaty przez faktora, możliwe będzie jedynie po ewentualnym uzyskaniu pozytywnej interpretacji indywidualnej od Ministra Finansów.