W zakresie opodatkowania VAT ustawa wymienia odpłatną dostawę towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium Polski. Ponieważ wierzytelność towarem nie jest, jej sprzedaż można rozpatrywać jedynie w kategorii świadczenia usług w rozumieniu ustawy o VAT, definiowanego jako „każde świadczenie, które nie stanowi dostawy towarów”. Wierzytelność jest prawem majątkowym, jest to prawo do żądania od innego podmiotu określonego świadczenia (wyrażonego pieniężnie). W tej kwestii początkowo zarówno organy podatkowe, jak i sądy administracyjne prezentowały niejednolite stanowisko. W większości przypadków sprzedaż wierzytelności była analizowana jako świadczenie ze strony zbywcy wierzytelności, co w dalszej konsekwencji prowadziło do wniosku, że jedynie obrót wierzytelnościami obcymi (nabytymi uprzednio od innych firm) był traktowany jako usługa dla celów VAT. Natomiast sprzedaż wierzytelności własnych była wyłączona z zakresu opodatkowania VAT, a tym samym powinna podlegać PCC. Stanowisko to uległo jednak zmianie w ubiegłym roku. Zgodnie z najnowszą linią orzeczniczą, to nabywca wierzytelności świadczy na rzecz zbywcy usługę pośrednictwa finansowego, niezależnie od sposobu dalszego wykorzystania nabytej wierzytelności – w celu windykacji, czy też dalszej odsprzedaży (por. wyroki WSA w Warszawie z 7 marca 2007 r., 23 kwietnia 2007 r., 11 maja 2007 r. i15 października 2007 r., sygn. akt. III SA/Wa 2208/06, III SA/Wa 3131/06, III SA/Wa 2260/06, III SA/Wa 1201/07). Usługa ta polega na zwolnieniu wierzyciela z konieczności windykacji długu oraz ryzyka jego nieściągalności w zamian za określone wynagrodzenie. Wynagrodzeniem tym jest zwykle różnica między wartością nominalną wierzytelności a kwotą, a jej ceną wykupu (tzw. dyskonto).
W związku z tak zdefiniowaną usługą kolejna wątpliwość dotyczy określenia poszczególnych elementów wyznaczających zasady jej opodatkowania: właściwej stawki VAT, momentu powstania obowiązku podatkowego, a także podstawy opodatkowania. Usługę skupu wierzytelności należy przede wszystkim odróżnić od usługi ściągania długów czy faktoringu. Te dwie ostatnie usługi podlegają opodatkowaniu VAT według stawki 22%, gdyż ustawa wyłącz a je z katalogu usług pośrednictwa finansowego zwolnionych z VAT. Natomiast sama usługa obrotu wierzytelnościami, tj. skupowanie ich we własnym imieniu, jest zwolniona z VAT.
Obowiązek podatkowy w takiej sytuacji powstaje zgodnie z ogólną zasadą, tj. z chwilą wystawienia faktury, nie później niż 7. dnia od wykonania usługi (jeśli beneficjentem usługi – zbywcą wierzytelności – jest podatnik VAT). Za wykonanie usługi należy uznać moment nabycia wierzytelności, gdyż wówczas następuje uwolnienie zbywcy od ciężaru egzekwowania wierzytelności. Moment ten strony powinny określić w umowie – będzie to albo data zawarcia umowy, bądź też data zapłaty za wierzytelność, jeśli strony wprowadzą w umowie takie rozwiązanie. Z pewnością nie należy się wówczas odwoływać do momentu spłaty długu przez dłużnika, bądź zbycia wierzytelności przez podmiot, który je nabył.
Konsekwentnie należy określić podstawę opodatkowania dla usługi nabycia wierzytelności. Podstawą opodatkowania jest obrót, czyli kwota należna pomniejszona o należny podatek VAT, który w tym przypadku nie występuje. Jako podstawę opodatkowania należy zatem uznać wynagrodzeniem nabywcy wierzytelności (jednocześnie usługodawcy), tj. różnicę między wartością nominalną wierzytelności a ceną, jaką nabywca płaci wierzycielowi (o ile umowa nie przewiduje innych zasad ustalania wynagrodzenie, np. w postaci odsetek za nieterminową płatność ściąganych od dłużnika, bądź też odrębnej kwoty wynagrodzenia).
Odmienną opinię wyraził w omawianej kwestii WSA we Wrocławiu w wyroku z 3 kwietnia 2007 r. (I SA/Wr 89/07), stwierdzając, że świadczenia nabywcy wierzytelności nie mogą być traktowane jako usługi w rozumieniu ustawy o VAT, gdyż nie ma tutaj elementu „odpłatności”. Sąd niezasadnie uznał, że transakcja ta powinna podlegać PCC. Jednak stanowisko takie jest odosobnione.
Zbycie wierzytelności może jednak podlegać opodatkowaniu PCC w sytuacji, gdy podmiot dokonujący jej nabycia nie działa w charakterze podatnika w rozumieniu ustawy o VAT. Jeśli nie jest to podmiot profesjonalnie zajmujący się obrotem wierzytelnościami, a przynajmniej nie wykaże zamiaru wykonywania tego rodzaju transakcji w sposób częstotliwy (tj. więcej niż raz), organy podatkowe mogą nie zaakceptować uznania jego świadczenia za usługę pośrednictwa finansowego zwolnioną z VAT i opodatkować zbycie wierzytelności PCC. W tym zakresie stanowisko organów nie jest prawidłowe, zwłaszcza że w kontekście braku zgodności polskiej definicji podatnika z definicją wspólnotową. Należy się jednak liczyć z możliwością wystąpienia sporu z organami podatkowymi, jeśli nabycia wierzytelności nie dokonuje instytucja finansowa.