Zachowując powyższą zasadę firma inwestycyjna może deponować środki pieniężne klientów w banku centralnym, banku krajowym, zagranicznej instytucji kredytowej, banku zagranicznym lub w uznanym funduszu inwestycyjnym. Co do zasady przepisy rozporządzenia w sprawie trybu i warunków postępowania firm inwestycyjnych nie wskazują wyraźnej procedury związanej ze sposobem deponowania środków pieniężnych klientów. Jedyne ograniczenia w tym zakresie przewidziane przez rozporządzenie to wymóg, aby środki pieniężne klientów były deponowane w sposób mający na celu zagwarantowanie praw klientów do środków pieniężnych oraz uniemożliwiający wykorzystanie środków pieniężnych klientów przez firmę inwestycyjną na własny rachunek. Ponadto rozporządzenie przy okazji uregulowań dotyczących deponowania środków pieniężnych odwołuje się, na zasadzie analogii do zasad przewidzianych w § 29 ust 7 – 9 rozporządzenia, dla prowadzenia rachunków papierów wartościowych. Należy więc wskazać, iż odrębnie powinny być rejestrowane środki służące do zabezpieczenia wykonania zobowiązań. To wyłączenie nie ma jednak zastosowania, jeżeli firma inwestycyjna gwarantuje prowadzenie dokumentacji pozwalającej na określenie środków stanowiących zabezpieczenie dla poszczególnych rodzajów zobowiązań. Dzieje się tak w sytuacji, kiedy z dokumentacji jasno wynika, jakie środki i w jakiej wysokości ewentualnie stanowią przedmiot zabezpieczenia. Ponadto rozporządzenie nakłada na firmę inwestycyjną obowiązek przechowywania środków pieniężnych klientów w taki sposób, aby możliwe było w każdej chwili wyodrębnienie aktywów przechowywanych na rzecz jednego klienta od aktywów innego klienta oraz aktywów własnych firmy inwestycyjnej.
Rozporządzenie dodatkowo nakłada na firmę inwestycyjną obowiązek wykazania się należytą starannością przy wyborze podmiotu, w którym deponuje środki pieniężne klientów. W szczególności powinna ona wziąć pod uwagę ochronę praw przysługujących klientowi z tytułu przechowywania na jego rzecz środków pieniężnych, poziom wiedzy specjalistycznej oraz opinię, jaką cieszy się dany podmiot, jak również system prawny i praktyki rynkowe związane z przechowywaniem środków pieniężnych klientów, które mogłyby mieć niekorzystny wpływ na prawo własności środków pieniężnych należących do klientów. W takich granicach firma inwestycyjna ma swobodę wyboru podmiotu, za pośrednictwem którego będzie deponowała środki pieniężne swoich klientów. Nie ma przy tym wyłączenia ustawowego, aby bank – akcjonariusz firmy inwestycyjnej przechowywał środki pieniężne jej klientów, pod warunkiem, że jako podmiot profesjonalny w sposób wystarczający zabezpiecza interesy klientów. Samo powiązanie kapitałowe obu spółek tj. firmy inwestycyjnej i banku nie stanowi w żaden sposób naruszenia praw klientów firmy inwestycyjnej, powierzających jej środki pieniężne.
Poza wyżej określonymi zasadami deponowania środków pieniężnych klientów, firmy inwestycyjne działają w porozumieniu z bankiem krajowym, w którym deponują środki pieniężne swoich klientów i mogą tą drogą ustalić sposób i zasady wykonywania czynności z tym związanych, przy uwzględnieniu ograniczeń wynikających z rozporządzenia.
Możliwym jest więc deponowanie środków klientów firmy inwestycyjnej (z wyraźnym oddzieleniem ich od środków własnych) na jednym lub kilku rachunkach bankowych bez konieczności otwierania oddzielnego rachunku bankowego dla każdego klienta. W takim wypadku jednak koniecznym będzie należyte i dokładne prowadzenie dokumentacji związanej z przechowywaniem środków pieniężnych klientów gwarantujące prawidłowe rozliczanie środków klientów oraz nie ograniczające praw klientów przysługujących im z mocy prawa do przechowywanych na ich rzecz środków, a także pozwalające na wyodrębnienie w każdej chwili aktywów przechowywanych na rzecz jednego klienta, od aktywów innego klienta oraz aktywów własnych firmy inwestycyjnej. Ponadto przy ustalaniu zasad przechowywania środków pieniężnych firma inwestycyjna powinna uwzględnić i zapewnić klientom ochronę stworzoną przez system rekompensat, o którym mowa w art. 133 – 146 ustawy o obrocie.
