Odzwierciedleniem niniejszej zasady jest możliwość odliczenia podatku VAT, jak również uprawnienie do otrzymania zwrotu podatku VAT, którego ciężar został poniesiony w innym kraju członkowskim niż państwo rejestracji na potrzeby podatku VAT. W celu umożliwienia skuteczniejszego egzekwowania zwrotu podatku ustawodawca, począwszy od dnia 1 stycznia 2010 r. , znowelizował zasady dotyczące składania wniosku o zwrot VAT w innym państwie członkowskim.

Opisywane zmiany wynikają z Dyrektywy 2008/9/WE z dnia 12 lutego 2008 r., która została implementowana do polskiego porządku prawnego w ustawie o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług z dnia 23 października 2009 r. (Dz.U. Nr 195, poz. 1504) oraz poprzez rozporządzenie Ministra Finansów w sprawie wniosków o zwrot podatku od wartości dodanej naliczonego w innym niż Rzeczpospolita Polska państwie członkowskim Wspólnoty Europejskiej z dnia 24 grudnia 2009 r. (Dz.U. Nr 224, poz. 1800). Regulacje te dotyczą zarówno podatników zagranicznych ubiegających się o zwrot podatku VAT na terytorium kraju, jak również podatników polskich, którzy mają zamiar wystąpić z wnioskiem o zwrot podatku VAT w innym państwie członkowskim WE.

Należy zaznaczyć, iż wniosek o zwrot podatku VAT w innym państwie członkowskim, zgodnie z ogólnymi regułami w zakresie odliczania podatku VAT powinien dotyczyć nabyć towarów i usług, które są związane z wykonywanie działalności gospodarczej. Tym samym w przypadku gdy towary lub usługi, od których podatnik ubiega się o zwrot podatku od wartości dodanej, były wykorzystywane tylko częściowo do wykonywania czynności dających prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego na terytorium kraju, podatnik ubiegający się o zwrot podatku jest obowiązany przy określaniu wnioskowanej kwoty zwrotu podatku uwzględnić proporcję sprzedaży. Co więcej, opisywana proporcja powinna zostać wskazana w składanym wniosku o zwrot podatku od wartości dodanej.

Natomiast w przypadku gdy proporcja sprzedaży ulegnie zmianie po złożeniu wniosku o zwrot podatku, podatnik uwzględnia zmianę tej proporcji oraz dokonuje odpowiedniej korekty kwot podatku do zwrotu wynikającej ze zmiany tej proporcji we wniosku o zwrot podatku od wartości dodanej składanym w roku podatkowym następującym po roku podatkowym, za który lub którego część złożony został ten wniosek. Natomiast jeżeli podatnik nie występuje o zwrot podatku od wartości dodanej w kolejnym roku podatkowym  będzie zobligowany do złożenia korekty wniosku o zwrot podatku od wartości dodanej dotyczący danego roku podatkowego
Zasadniczym założeniem opisywanej nowelizacji zwrotu podatku VAT było uproszczenie, jak również przyspieszenie tejże procedury. Odzwierciedleniem niniejszego jest wymóg złożenia wniosku o zwrot podatku VAT w innym państwie członkowskim za pomocą środków komunikacji elektronicznej (art. 89 ust. 1h ustawy o VAT). Co więcej wniosek, w przeciwieństwie do zasad obowiązujących dotychczas, powinien został złożony naczelnikowi urzędu skarbowego, który jest właściwy dla podatnika polskiego. Jeżeli chodzi o wzór wniosku o zwrot został on określony w cytowanym rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 24 grudnia 2009 r. Wniosek o zwrot składany jest nie później niż do dnia 30 września roku następującego po roku podatkowym, którego wniosek dotyczy. Przy czym wniosek uznaje się za złożony, jeżeli podatnik przedstawi wszystkie informacje wymagane przepisami opisywanego rozporządzenia. Z kolei jeżeli informacje zawarte w złożonym wniosku będą zawierały pomyłki, podatnik może dokonać korekty wniosku.

Następnie, po wstępnej weryfikacji wniosku dokonanej przez właściwy urząd skarbowy, opisywany wniosek jest przekazywany przez polski organ podatkowy państwu członkowskiemu, którego zwrot dotyczy. Należy jednak pamiętać, iż na mocy art. 89 ust. 1i ustawy o VAT wniosek o dokonanie zwrotu nie zostanie przekazany do właściwego państwa członkowskiego w przypadku gdy w okresie, do którego odnosi się wniosek, podatnik nie był podatnikiem podatku od towarów i usług na terytorium kraju, czy też w przypadku gdy podatnik dokonywał wyłącznie dostawy towarów lub świadczenia usług zwolnionych od podatku VAT innych niż transakcje, do których stosuje się art. 86 ust. 9, jak również gdy podatnik był zwolniony od podatku VAT na podstawie art. 113 ustawy o VAT.

W przypadku odmowy przekazania wniosku właściwemu państwu członkowskiemu naczelnik urzędu skarbowego wydaje postanowienie, na które służy zażalenie, o nieprzekazaniu wniosku o dokonanie zwrotu. Jednakże, co należy potraktować jako swoistą rewolucję w polskiej procedurze podatkowej, podatnik jest powiadamiany o wydaniu postanowienia za pomocą środków komunikacji elektronicznej. Przepisy nie precyzują jednakże, iż samo postanowienie czy tym bardziej środek jego zaskarżenia, którym będzie zażalenie powinny być złożone w formie elektronicznej. Tym samym stosując zasadę pisemności określoną w Ordynacji podatkowej niniejsze postanowienie, a tym bardziej zażalenie powinny być sporządzone w formie pisemnej.

Porównując dotychczasowego zasady zwrotu podatku VAT w innym państwie członkowskim z przepisami znowelizowanymi należy dostrzec znaczące ułatwienia dla podatników polskich, którymi będzie niewątpliwie składanie wniosków do krajowych organów podatkowych, jak również elektroniczny sposób ich złożenia. Niewątpliwą korzyścią płynącą z nowelizacji jest również wydłużenie terminu do złożenia wniosku o zwrot z 30 czerwca do 30 września roku następującego po roku, którego dotyczy zwrot. Oczywiście analizowane przepisy zawierają również pewne luki, do których z pewnością należy zaliczyć brak wskazania konkretnego terminu na przekazanie wniosku o zwrot do innego państwa członkowskiego, jak również brak sankcji za nieprzekazanie wniosku przez polski organ podatkowy. Oczywiście podatnikowi będzie w tym przypadku przysługiwała skarga na bezczynność organu podatkowego, jednakże w rzeczywistości nie zapewni ona podatnikowi przekazania wniosku niezwłocznie po jego złożeniu.