Przejawem wspomnianej zasady jest m. in. uregulowana w art. 87 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (zwaną dalej: ustawą o VAT) instytucja zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Niestety jak wskazuje praktyka przepisy dotyczące zwrotu podatku naliczonego nie zapewniają realizacji zasady neutralności. Nie dosyć bowiem, iż każdorazowo termin zwrotu może zostać przedłużony przez organy podatkowe w przypadku wszczęcia postępowania wyjaśniającego, to terminu zwrotu określone przez ustawę są dosyć odległe. Trzeba jednak zaznaczyć, iż podatnik w celu uzyskania zwrotu podatku VAT w terminie określonym przez przepisy może złożyć zabezpieczenie majątkowe, które zagwarantuje mu terminowy zwrot.

W tym miejscu należy zauważyć, iż począwszy od dnia 1 grudnia 2008 r. weszła w życie nowelizacja ustawy o VAT. Na mocy opisywanej zmiany przepisów podstawowy termin zwrotu podatku VAT wynosi 60 dni, licząc od daty złożenia deklaracji, w której wykazano do zwrotu nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym. Zachowana przy tym została możliwość przyspieszenia zwrotu do 25 dni po spełnieniu odpowiednich warunków, do których należy m.in. uregulowanie należności, wynikających z faktur będących przedmiotem wniosku o zwrot.

Trzeba jednak podkreślić, iż w dalszym ciągu znowelizowane przepisy przewidują możliwość przedłużenia podstawowego terminu zwrotu (60 dni) w przypadku weryfikacji przez urząd skarbowy jego zasadności. Jednakże w celu otrzymania zwrotu podatku w ustawowym terminie podatnik może skorzystać z  instytucji tzw. zabezpieczenia majątkowego. Celem wspomnianej nowelizacji jest zapewnienie podatnikowi otrzymania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w terminie 60 dni, nawet w przypadku wszczęcia wobec podatnika postępowania wyjaśniającego, kontroli podatkowej czy też kontroli skarbowej.
Zabezpieczenie majątkowe, zgodnie z art. 87 ust. 4a ustawy o VAT może być złożone w formie:

1) gwarancji bankowej lub ubezpieczeniowej;

2) poręczenia banku;

3) weksla z poręczeniem wekslowym banku;

4) czeku potwierdzonego przez krajowy bank wystawcy czeku;

5) papierów wartościowych na okaziciela o określonym terminie wykupu wyemitowanych przez Skarb Państwa lub Narodowy Bank Polski, bankowych papierów wartościowych i listów zastawnych o określonym terminie wykupu, wyemitowanych we własnym imieniu i na własny rachunek przez podmiot mogący być gwarantem lub poręczycielem zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej.

Co istotne, zabezpieczenia majątkowe nie musi zostać złożone wraz z wnioskiem o dokonanie zwrotu podatku VAT. Podatnik ma możliwość skorzystania ze wspomnianych przepisów w przypadku wszczęcia postępowania wyjaśniającego, podatkowego czy też skarbowego. W celu otrzymania zwrotu w terminie 60 dni zabezpieczenie w formie wskazanej w art. 87 ust. 4a ustawy o VAT, należy złożyć w terminie 13 dni przed upływem terminu zwrotu wraz z wnioskiem o skorzystaniem z tej instytucji. Natomiast w przypadku złożenia zabezpieczenia w terminie późniejszym, zwrot jest dokonywany w terminie 14 dni od jego złożenia.

Zabezpieczenie majątkowe zostaje zwolnione w dniu następującym po dniu zakończenia przez organ podatkowy weryfikacji zasadności zwrotu, czyli pod dniu zakończenia postępowania podatkowego, kontroli podatkowej czy też kontroli skarbowej.