Na podstawie art. 42 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów podlega opodatkowaniu według stawki podatku 0 %, pod warunkiem że podatnik przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy, posiada w swojej dokumentacji dowody, że towary będące przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy zostały wywiezione z terytorium kraju i dostarczone do nabywcy na terytorium państwa członkowskiego inne niż terytorium kraju.

Ustawodawca w art. 42 ust. 3 ustawy o VAT wyjaśnia, co należy rozumieć przez dowody wskazane w punkcie 2. I tak dowodami tymi są następujące dokumenty, jeżeli łącznie potwierdzają dostarczenie towarów będących przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów do nabywcy znajdującego się na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju:

1) dokumenty przewozowe otrzymane od przewoźnika (spedytora) odpowiedzialnego za wywóz towarów z terytorium kraju, z których jednoznacznie wynika, że towary zostały dostarczone do miejsca ich przeznaczenia na terytorium państwa członkowskiego inne niż terytorium kraju – w przypadku gdy przewóz towarów jest zlecany przewoźnikowi (spedytorowi),

2) kopia faktury,

3) specyfikacja poszczególnych sztuk ładunku.

Jednocześnie, w art. 42 ust. 11 ustawy o VAT wskazano, że w przypadku gdy ww. dokumenty nie potwierdzają jednoznacznie dostarczenia do nabywcy znajdującego się na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju towarów, dowodami, o których mowa w ust. 1 pkt 2, mogą być również inne dokumenty wskazujące, że nastąpiła dostawa wewnątrzwspólnotowa, (przykładowo korespondencja handlowa z nabywcą, w tym jego zamówienie).

Biorąc pod uwagę powyższe regulacje, wątpliwości nastręczało pytanie, czy podatnik jest zobowiązany do posiadania wszystkich dokumentów, wskazanych w art. 42 ust. 3 ustawy o VAT, aby móc opodatkować wewnątrzwspólnotową dostawę towarów stawką podatku VAT w wysokości 0%. Podatnicy, częstokroć nie będąc w stanie zgromadzić wszelkich dokumentów przewidzianych przepisami ustawy o VAT, argumentowali w postępowaniu przed organami podatkowymi czy sądami administracyjnymi, iż użyte w art. 42 ust. 3 ustawy o VAT sformułowanie „łącznie potwierdzają dostarczenie towarów będących przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy”, nie stanowi wymogu posiadania wyłącznie wymienionych w tym przepisie dokumentów, lecz wymóg łącznego potwierdzenia stosownymi dowodami dostarczenia towarów.

Argument taki jednak nie zawsze znajdował poparcie w orzecznictwie sądów administracyjnych, które w wyrokach wskazywały, iż katalog dokumentów potwierdzających dokonanie WDT jest zamknięty, bowiem tylko podstawowe dokumenty (tj. wskazane w art. 42 ust. 3) mogą potwierdzić dokonanie tej dostawy i w konsekwencji uzasadniać zastosowanie stawki opodatkowania w wysokości 0%. Takie stanowisko zajął m.in. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w wyroku z 16 listopada 2006 r. (sygn. I SA/Wr 685/06) czy też Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w wyroku z 18 kwietnia 2008 r. (sygn. I SA/Po 117/08).

Wskazane wątpliwości zostały rozstrzygnięte w korzystnej dla podatników uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 11 października 2010 r. (I FPS 1/10). W jej treści NSA, wskazując na rozbieżności, jakie wywołuje interpretacja tych przepisów w orzecznictwie sądów oraz praktyce organów podatkowych, podkreślił że „już przy uwzględnieniu dokładnej analizy gramatycznej powyższych przepisów można stwierdzić, że dowody, o których mowa w art. 42 ust. 3 i 4 u.p.t.u., nie mają charakteru bezwzględnie obligatoryjnych, lecz jedynie dowodów względnie obowiązkowych, co oznacza, że podatnik powinien co do zasady nimi dysponować, lecz w przypadku ich braku lub braku pewnych danych na dokumentach wymaganych tymi przepisami – co czyni je niepełnowartościowymi dowodami w zakresie wykazania dowodzonej okoliczności – może ona zostać udowodniona również innymi dowodami, określonymi w art. 42 ust. 11 ustawy”.

Naczelny Sąd Administracyjny odniósł się również do normy wynikającej z art. 180 § 1 Ordynacji podatkowej, określającej zasadę otwartego sytemu środków dowodowych. W powołanej uchwale zostało wprost podkreślone, że jakkolwiek w przepisach art. 42 ust. 3 i 4 ustawowo określono dokumenty dowodzące, że towary będące przedmiotem WDT zostały wywiezione z terytorium kraju i dostarczone do nabywcy na terytorium państwa członkowskiego, to z uwagi na treść art. 42 ust. 11, umożliwiającego dowodzenie tej okoliczności również innymi dowodami, ustawowy katalog dowodowy określony w ust. 3 i 4, nie może być uznany za zamknięty, a tym samym nie wyłącza w tym zakresie stosowania normy art. 180 § 1 Ordynacji podatkowej.

NSA doszedł zatem do konkluzji, że w przypadku gdy podatnik posiada jedynie niektóre dowody o jakich mowa w art. 42 ust. 3 ustawy, uzupełnione dokumentami, wskazanymi w art. 42 ust. 11 ustawy lub innymi dowodami w formie dokumentów, o których mowa w art. 180 § 1 Ordynacji podatkowej, to zastosowanie powinna mieć stawka 0%, o ile wszystkie te dokumenty łącznie potwierdzają fakt wywiezienia i dostarczenia towarów będących przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy do nabywcy znajdującego się na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju. Kluczowe jest zatem, aby powyższe dokumenty łącznie potwierdzały fakt wywiezienia i dostarczenia towarów będących przedmiotem WDT.

Uzasadniając powyższe wnioskowanie – odnośnie wzajemnej relacji norm art. 42 ust. 3 i 4 oraz ust. 11 ustawy o VAT – Naczelny Sąd Administracyjny odniósł się także do wykładni prowspólnotowej, uwzględniającej orzecznictwo ETS wydane w tym przedmiocie na tle przepisów VI Dyrektywy (obecnie Dyrektywy 2006/112/WE). Powyższe stanowisko zapewnia bowiem realizację zasady neutralności VAT dla podatników oraz wpisuje się w tym zakresie w linię orzeczniczą Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości. Z wyroków ETS w sprawach C-409/04 Teleos oraz C-146/05 Albert Collee wynika bowiem, iż zastosowanie zwolnienia z VAT przy WDT (w Polsce 0% stawki podatku) uzależnione jest przede wszystkim od faktycznego dostarczenia towaru do nabywcy w innym państwie członkowskim, a nie od rodzaju dokumentów, którymi dysponuje podatnik w celu potwierdzenia tej okoliczności.