Podstawą uznania polskich przepisów za niezgodne z prawem wspólnotowym jest naruszenie tzw. klauzuli stałości poprzez wprowadzenie zmian w przepisach o odliczaniu podatku VAT przy nabyciu samochodów i paliwa w ustawie o VAT w stosunku do przepisów obowiązujących przed dniem przystąpienia Polski do UE. Zgodnie z regulacjami unijnymi, państwo członkowskie przystępujące do Wspólnoty może zachować tylko te ograniczenia w zakresie odliczenia podatku VAT naliczonego, które obowiązywały przed akcesją.
Natomiast polskie przepisy w zakresie odliczania podatku VAT naliczonego przy zakupie i leasingu określonych pojazdów oraz przy zakupie paliwa do nich były zmieniane dwukrotnie. Przed 1.05.2004 r. obowiązujące wówczas przepisy nie zezwalały na odliczenie podatku VAT przy zakupie pojazdów o dopuszczalnej ładowności do 500 kg oraz paliwa do ich napędu. Na pełne odliczenie mógł jednak liczyć nabywca tzw. samochodu „z kratką”. Od 1.05.2004 r. wprowadzono tzw. wzór Lisaka, na podstawie którego prawo do odliczenia podatku naliczonego uzależnione było od liczby siedzeń i ładowności samochodu. Wielu posiadaczy aut utraciło wówczas prawo do odliczenia podatku VAT przy nabyciu paliwa. Dodatkowe ograniczenie zostało wprowadzone 22.08.2005 r. i obowiązuje do dnia dzisiejszego. Aktualnie nabywcom i leasingobiorcom określonych kategorii samochodów (większości samochodów osobowych z dwoma rzędami siedzeń) przysługuje prawo do odliczenia jedynie 60% kwoty podatku VAT naliczonego, jednak nie więcej niż 6.000 zł oraz nie są uprawnieni do odliczenia podatku VAT przy zakupie paliwa.
Oznacza to, że obie zmiany zostały wprowadzone do polskiej ustawy niezgodnie z przepisami Szóstej Dyrektywy Rady WE (obecnie Dyrektywy 2006/112/WE), a zatem polscy podatnicy nie powinni ponosić negatywnych konsekwencji z tego powodu. W rezultacie, polskie firmy mogą pominąć niekorzystne przepisy krajowe w przypadku, gdy ich sytuacja pogorszyła się od 1.05.2004 r. lub od 22.08.2005 r.
Stanowisko takie potwierdzały wielokrotnie polskie sądy administracyjne, m.in. WSA w Rzeszowie w wyroku z 13.05.2008 r., sygn. I SA/Rz 284/08, WSA we Wrocławiu z 4.04.2007 r., sygn. I SA/Wr 1852/06, WSA w Warszawie z 20.06.2007 r., sygn. VIII SA/Wa 324/07 oraz z 11.04.2008 r., sygn. akt III SA/Wa 263/08.
Moim zdaniem firmy nie powinny czekać ze złożeniem wniosku o stwierdzenie nadpłaty, jeśli ich sytuacja w zakresie odliczania podatku VAT od paliwa i zakupu/leasingu samochodów pogorszyła się po 1.05.2004 r. Na wyrok ETS trzeba jeszcze poczekać kilka miesięcy, natomiast prawo do skorygowania deklaracji VAT za 2004 r. i odzyskania podatku VAT za ten okres przepada z końcem bieżącego roku.
Istotne jest to, że podstawą do korekty podatku VAT są obowiązujące obecnie przepisy i nie jest w tym celu konieczna jakakolwiek dodatkowa ustawa, jak to miało miejsce w przypadku odzyskiwania akcyzy od aut sprowadzanych z UE. Natomiast utrudnieniem dla podatników jest konieczność skorygowania wraz z deklaracjami VAT również deklaracji w podatkach dochodowych, ponieważ nieodliczony VAT był zaliczany do kosztów uzyskania przychodów (w przypadku paliwa) lub zwiększał wartość początkową samochodów (w przypadku ich nabycia).
[page_break]Istnieją również argumenty przemawiające za tym, że od 1.05.2004 r. nie obowiązują żadne ograniczenia w odliczaniu podatku VAT przy nabyciu jakichkolwiek samochodów i paliwa do nich, gdyż obowiązujące przepisy naruszają regulacje wspólnotowe i nie powinny być stosowane w ogóle, natomiast przepisy obowiązujące przed akcesją utraciły moc obowiązującą. Takie podejście oznaczałoby możliwość odliczania w okresie od 1.05.2004 r. podatku VAT od wszelkich wydatków związanych z zakupem/leasingiem samochodów osobowych i paliwa do nich, bez względu na to do jakiej kategorii pojazdów są klasyfikowane dla potrzeb rozliczeń VAT. Nie wiadomo czy tak szeroko odniesie się do zgłoszonego zagadnienia ETS w swoim wyroku.