Świadczenie usług w opisywanej sytuacji podlega opodatkowaniu podatkiem VAT na zasadach ogólnych, gdyż jedynie usługi świadczone pomiędzy gospodarstwami pomocniczymi jednostek budżetowych, jednostkami budżetowymi i zakładami budżetowymi korzystają, co do zasady, ze zwolnienia z opodatkowania VAT.

Odpowiadając na pytanie Czytelnika należy zwrócić uwagę, iż w myśl § 13 ust. 1 pkt 12 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług ze zwolnienia z opodatkowania korzystają usługi świadczone pomiędzy gospodarstwami pomocniczymi jednostek budżetowych, jednostkami budżetowymi i zakładami budżetowymi, z wyjątkiem usług z zakresu rozprowadzania wody, usługi w zakresie gospodarki ściekami, wywozu i unieszkodliwiania odpadów, usług sanitarnych i pokrewnych oraz usług komunikacji miejskiej.

Trzeba zatem zaznaczyć, iż dla zwolnienia z opodatkowania usług określonych w § 13 ust. 1 pkt 12 rozporządzenia kluczowe znaczenie posiada status podmiotów będących uczestnikami transakcji. Ustawodawca określił bowiem, iż przedmiotowe zwolnienie znajduje zastosowanie w przypadku świadczenia usług pomiędzy gospodarstwami pomocniczymi jednostek budżetowych, jednostkami budżetowymi i zakładami budżetowymi. W analizowanej sprawie jednym z podmiotów wymienionych w cytowanym przepisie jest świadczący usługę. Należy zatem określić czy odbiorca  usługi (gmina oraz urząd gminy) jest również którymś z kategorii podmiotów wymienionych w § 13 ust. 1 pkt 12 rozporządzenia.

W tym miejscu należy zwrócić uwagę, iż pojęcie podmiotów sfery budżetowej jest szerokie i obejmuje swym zasięgiem podmioty działające w różnych dziedzinach i formach. Podmioty te mogą działać w formach określonych ustawą z dnia 30 czerwca 2005 r. o finansach publicznych. Natomiast na mocy art. 4 ust. 1 pkt 2, 3, i 8 wskazanej ustawy sektor finansów publicznych tworzą m.in.: gminy, powiaty i samorząd województwa zwane dalej „jednostkami samorządu terytorialnego” oraz ich związki; jednostki budżetowe, zakłady budżetowe i gospodarstwa pomocnicze jednostek budżetowych; państwowe i samorządowe instytucje kultury. W konsekwencji gmina stanowi odrębny od jednostek budżetowych, zakładów pomocniczych i gospodarstw pomocniczych jednostek budżetowych, podmiot sfery budżetowej. Podobnie przedstawia się status prawny urzędów gmin, które zgodnie z art. 9 ustawy z dnia 8 marca 1990 r. o samorządzie gminnym (t.j. Dz.U. z 2001, nr 142, poz. 1591 z późn. zm.) stanowią wyłącznie zorganizowany zespół osób i środków służących do pomocy organowi administracyjnemu. Urząd Gminy jest zatem jednostką pomocniczą służącą do wykonywania zadań gminy oraz obsługi techniczno-organizacyjnej gminy.

Z racji tego, iż ani gmina, ani urząd gminy nie posiadają statusu żadnego z podmiotów  wymienionych w w § 13 ust. 1 pkt 12 rozporządzenia Ministra Finansów, świadczenie na och rzecz usług przez zakład budżetowy nie będzie korzystało ze zwolnienia z opodatkowania podatkiem VAT, a będzie opodatkowane według reguł ogólnych. Niniejsze stanowisko zostało potwierdzone m.in. w wyroku WSA w Rzeszowie z dnia 27 stycznia 2009 roku (sygn. akt I SA/Rz 720/08).