Zauważyć trzeba, iż zakaz wystawiania faktur korygujących w stosunku do faktur VAT RR oznaczałby nierówne traktowanie podatników z zupełnie nieuzasadnionych przyczyn, a mówiąc wprost ograniczenia te wynikałyby jedynie ze złej legislacji. Należy bowiem mieć na względzie, że celem wystawiania faktur korygujących jest przede wszystkim usuwanie nieprawidłowości, które wystąpiły w fakturach pierwotnych, jak również uaktualnienie dokumentów w związku ze zmianą cen sprzedawanych towarów, czy w końcu z udzielaniem rabatów. Natomiast w ustawie o VAT trudno dopatrzeć się przesłanek wskazujących na to, iż obrót towarowy prowadzony z rolnikami ryczałtowymi powinien być pozbawiony możliwości korekty faktur.
Gdyby jednak uznać, że ustawodawca miał zamiar umożliwić sporządzanie korekt faktur VAT RR, nasuwa się kolejne pytanie, jak w takim razie stosować regulacje dotyczące faktur korygujących w odniesieniu do faktur VAT RR. Trzeba bowiem zważyć na okoliczność, iż fakturę VAT RR wystawia nabywca towaru, a nie sprzedający – rolnik ryczałtowy. Natomiast z § 13 i § 14 rozporządzenia wynika, iż fakturę korygującą wystawia sprzedawca, czyli podmiot, który sporządził fakturę pierwotną. Stosując analogię należałoby przyjąć, że skoro fakturę VAT RR wystawia nabywca, to tym samym powinien być również uprawniony do wystawienia faktur korygującej. Zatem w tej sytuacji faktura korygująca powinna być przekazana rolnikowi ryczałtowemu, a jej odbiór powinien być przez niego potwierdzony.
Kolejnym problemem związanym z korektą faktury VAT RR, o ile przyjąć wbrew literalnemu brzmieniu przepisów jej dopuszczalność, jest kwestia pomniejszenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Rozliczanie bowiem podatku VAT w przypadku faktur VAT RR jest zasadniczo odmienne w porównaniu do zwykłych faktur VAT. Nie należy również zapominać o licznych dodatkowych warunkach, które powinny zostać uwzględnione przy rozliczaniu faktur korygujących VAT RR. Warto zwrócić uwagę, że rezultatem korekty zwykłej faktury VAT jest albo zwiększenie albo zmniejszenie podatku należnego i naliczonego. Z kolei w wypadku faktur VAT RR podatek należny, to kwota zryczałtowanego zwrotu podatku, która jest jednocześnie podatkiem naliczonym u wystawcy faktury. Tym samym, korekta faktury VAT RR wpłynęłaby na zmniejszenie lub zwiększenie podatku naliczonego u nabywcy towaru. Problematyczne byłoby również prawidłowe określenie daty prawnego związania korektą faktury. Stosując analogię do przepisów dotyczących korekty zwykłych faktur VAT, należałoby założyć, że obowiązek uwzględnienia korekty powstaje w chwili podpisania korekty przez rolnika ryczałtowego. Natomiast brak tego podpisu, w szczególności w przypadku gdy w wyniku korekty zwiększyłaby się kwota podatku naliczonego, mógłby spowodować postawienie zarzutu zawyżenia podatku naliczonego, ze wszystkimi tego faktu konsekwencjami podatkowymi.
W konsekwencji należy stwierdzić, iż mimo niezwykłej doniosłości instytucji korekty faktur, brak w tym względzie nie tylko jednoznacznych przepisów, ale nawet oficjalnego stanowiska organów podatkowych. Z praktyki wiadomo jedynie, że korekta faktur VAT RR jest powszechnie stosowana przez podatników za cichym przyzwoleniem organów podatkowych. Jednakże zdaniem autora obecne brzmienie przepisów nie pozwala na sporządzenie korekt faktur VAT RR, co oznacza że działania podatników mogą spotkać się kiedyś z sankcjami ze strony fiskusa.
