Postępowanie w sprawie naruszenia prawa wspólnotowego składa się z trzech etapów. Pierwszy etap tego postępowania polega na przesłaniu państwu członkowskiemu wezwania do usunięcia uchybienia, na które należy odpowiedzieć zazwyczaj w ciągu dwóch miesięcy. Jeżeli osiągnięcie zgodności z przepisami wspólnotowymi wymaga dalszych działań, Komisja Europejska wydaje uzasadnioną opinię, które stanowi drugie i zarazem ostateczne pisemne ostrzeżenie wobec pastwa członkowskiego. Również w tym przypadku państwo członkowskie ma zazwyczaj dwa miesiące na udzielenie odpowiedzi. W przypadku braku zadowalającej odpowiedzi Komisja Europejska może przekazać sprawę do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości w Luksemburgu. Komisja Europejska może także złożyć wniosek o nałożenie kary na państwo, które nie zastosowało się do wyroku Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości.
Postępowanie wszczęte przeciwko Polsce dotyczy m.in. niedotrzymywania sześciomiesięcznego terminu zwrotu VAT przez polskie organy podatkowe. W praktyce polskie organy podatkowe dokonują zwrotu podatku VAT po dwóch, a nawet czterech latach. Komisja Europejska stwierdziła, że procedura zwrotu VAT podatnikom niemającym siedziby w Polsce w wielu przypadkach trwa dłużej niż jest to przewidziane w przepisach regulujących zwrot VAT podmiotom zagranicznym i dlatego też niedotrzymanie przez państwo członkowskie sześciomiesięcznego terminu zwrotu VAT podatnikom niemającym w tym państwie członkowskim siedziby oznacza naruszenie zobowiązań przewidzianych w Ósmej Dyrektywie VAT.
Ponadto Komisja Europejska w uzasadnionej opinii stwierdziła, że przyznawany przez polskie władze siedmiodniowy termin na usunięcie braków formalnych we wniosku o zwrot podatku VAT jest zbyt krótki. Uchybienie tego terminu powoduje, iż dokonanie czynności jest bezskuteczne prawnie i w takiej sytuacji organ podatkowy jest uprawniony do pozostawienia wniosku bez rozpatrzenia. Zdaniem Komisji Europejskiej usunięcie braków we wniosku o zwrot VAT w tak krótkim czasie jest niemożliwe lub nadmiernie trudne, co w praktyce podważa skuteczność prawa do zwrotu przysługującego podatnikom zagranicznym.
Warto przypomnieć, iż z początkiem stycznia 2010 r. zostaną wprowadzone zmiany w zakresie zwrotu VAT podmiotom zagranicznym spowodowane dostosowaniem polskich przepisów do Dyrektywy Rady 2008/9/WE z 12 lutego 2008 r. Wnioski będą składane elektronicznie za pośrednictwem organów podatkowych państwa siedziby podatnika, a następnie przekazywane do Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście. Jednocześnie w przypadku nieterminowych zwrotów podatnikom zagranicznym będą przysługiwać odsetki.
