Jak wynika z dotychczasowej praktyki organów podatkowych jak i niektórych wojewódzkich sądów administracyjnych, wydatki te nie stanowią kosztów uzyskania przychodów. Argumentem przesądzającym za taką kwalifikacją omawianych wydatków, jest brak opodatkowania po stronie przychodów podatkowych na podstawie art. 12 ust. 4 pkt 4 ustawy z dnia 15 lutego 1992r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000r. Nr 54, poz. 654 ze zm. zwana dalej: ustawa o CIT) przychodów otrzymywanych na powiększenie kapitału zakładowego a zatem wydatki związane z takimi przychodami nie mogą stanowić kosztów uzyskania przychodów w świetle regulacji ustawy o CIT.
Należy zauważyć, iż podatnicy nie zgadzając się z taką argumentacją, niejednokrotnie odwoływali się do wojewódzkich sądów administracyjnych, przed którymi próbowali dowieść nietrafność powyższej tezy. Cześć wojewódzkich sądów administracyjnych orzekała, iż wydatki te z uwagi na ich pośredni związek z funkcjonowaniem Spółki zasługują na uznanie ich za koszty uzyskania przychodów zgodnie z ogólną dyspozycją zawartą w treści art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, część natomiast wojewódzkich sądów administracyjnych odmawiała tego prawa.
W świetle powyższego, z uwagi na niejednolite stanowisko sądów administracyjnych w tym zakresie Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem z dnia 17 sierpnia 2010 r., sygn. II FSK 577/09, skierował powyższą kwestię do rozstrzygnięcia w drodze uchwały przez rozszerzony skład siedmiu sędziów NSA.
NSA uchwałą z dnia 24 stycznia 2011 r. sygn. II FPS 6/10 (orzeczenie prawomocne) rozróżnił dwie kategorie wydatków ponoszonych w związku z podwyższeniem kapitału zakładowego. Do pierwszej z nich zaliczył wydatki bezpośrednio związane z transakcją podwyższenia kapitału zakładowego, bez poniesienia których operacja ta nie byłaby możliwa. Do wydatków tych zaliczyć można: podatek od czynności cywilnoprawnych, opłaty sądowe i notarialne. Zdaniem NSA, wydatki te nie stanowią kosztów uzyskania przychodów. W przypadku pozostałych wydatków, tj. niezwiązanych w sposób bezpośredni z podwyższeniem kapitału zakładowego spółki, podatnik ma prawo do kwalifikacji tychże wydatków za koszty uzyskania przychodów. Jako przykład, NSA wymienił (w przypadku podwyższenia kapitału zakładowego w drodze emisji akcji, będących przedmiotem oferty publicznej objętych prospektem emisyjnym), opłaty giełdowe, koszty druku dokumentów akcyjnych, koszty sporządzenia, drukowania oraz dystrybucji prospektu emisyjnego lub jego skróconej wersji oraz koszty oferowania papierów wartościowych, usługi doradztwa finansowego i prawnego. NSA uznał, iż wydatki te, stanowiąc koszty ogólne funkcjonowania spółki kapitałowej, podlegają zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów, na zasadach ogólnych. NSA stwierdził, iż:
„(…) Zgodzić należy się zatem z oceną, że wydatki związane z nabyciem usług w celu emisji akcji należy zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów. Są one typowymi kosztami pośrednimi związanymi z prowadzoną działalnością gospodarczą, której efekty podlegają opodatkowaniu”.
Stanowisko zaprezentowane w przedmiotowej uchwale należy uznać za korzystne dla podatników. Jednoznacznie wynika z niej, iż część wydatków poniesionych w związku z analizowaną transakcją, może zostać zaliczona do kosztów uzyskania przychodów jako wydatki pośrednio związane z funkcjonowaniem spółki. Należy zauważyć, iż wprawdzie uchwała siedmiu sędziów NSA odnosi się do wydatków na podwyższenie kapitału zakładowego w spółkach akcyjnych (wydatki związane z emisją akcji), to nie przesądza to jednak o tym, iż zaprezentowane w uchwale stanowisko nie znajdzie uzasadnienia dla transakcji podwyższenia kapitału zakładowego, nie tylko w drodze oferty publicznej, ale również w spółkach z o.o.
Pogląd NSA, wyrażony w omawianej uchwale, stwarza możliwość podatnikom, którzy nie ujęli w kosztach podatkowych wydatków pośrednio zwianych z emisją akcji, do ubiegania się o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym, z uwagi na zaniżenie kosztów uzyskania przychodów. Warto wskazać, iż postępowanie nadpłatowe może mieć zastosowanie do wydatków związanych z podwyższeniem kapitału zakładowego, poniesionych w roku 2005 oraz w latach następnych.