Z kolei art. 20 ust. 6 Uustawy o VAT, stanowiący przepis szczególny w stosunku do wskazanej wyżej regulacji ogólnej, przewiduje, iż w przypadku gdy przed terminem, o którym mowa w art. 20 ust. 5 podatnik podatku od wartości dodanej wystawił fakturę, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury. Należy zatem zwrócić uwagę, iż art. 20 ust. 6 ustawy o VAT odnosi się do sytuacji, gdy faktura została wystawiona po dostawie towarów dokonanej przez kontrahenta wewnątrzwspólnotowego albo równocześnie z realizacją dostawy, ale przed upływem 15 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym miała miejsce dostawa. Określenie obowiązku podatkowego według tego przepisu będzie możliwe jedynie wówczas, gdy wystawiono fakturą w dniu dostawy lub po jej dokonaniu, niemniej jednak nie upłynął jeszcze 15 dzień następnego miesiąca. Tym samym obowiązek podatkowy nie powstanie w oparciu o przepis art. 20 ust. 6 ustawy o VAT, gdy kontrahent wystawił fakturę przed dokonaniem dostawy towarów. Trzeba bowiem mieć na uwadze, iż wskazany przepis ma charakter wyjątkowy, uzależniony jest od spełnienia warunku polegającego na wystawieniu faktury do 15 dnia miesiąca następującego po dokonaniu dostawy. Faktura wystawiona przez unijnego kontrahenta nie może pozostawać w oderwaniu od dokonanej dostawy. Ustawodawca jedynie w przypadku dokumentowania otrzymania zaliczek przewidział możliwość wystawienia faktury przed dokonaniem dostawy towarów.
Uwzględniając powyższe należy stwierdzić, iż w przypadku wystawienia faktury przez kontrahenta przed dokonaniem dostawy (nabycia) towarów czy też po upływie 15 dnia miesiąca następującego po dokonaniu dostawy (nabycia) towarów, powoduje konieczność rozpoznania obowiązku podatkowego według reguły ogólnej, wyrażonej w art. 20 ust. 5 ustawy o VAT.
Dokonując analizy powstania obowiązku podatkowego z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów warto wskazać, iż ustawodawca w art. 20 ust. 6 ustawy o VAT wskazał, iż momentem powstania obowiązku jest dzień wystawienia faktury przez kontrahenta wewnątrzwspólnotowego, a nie data otrzymania faktury przez polskiego podatnika. Wspomniany zapis może prowadzić do konieczności dokonywania korekt z tytułu rozliczenia WNT.