Możliwość wnioskowania o zwrot zapłaconego podatku jest konsekwencją niezgodności obciążenia PCC pożyczek od udziałowców i akcjonariuszy z prawem wspólnotowym. W wyroku z dnia 11 września 2009 r. wydanym przez Wojewódzki Sąd Administracyjny (sygn. III SA/Wa 619/09) potwierdzono, że jeżeli urzędy skarbowe, działając na podstawie przepisów obowiązujących ustawy o PCC od 2007 r. pobrały podatek od pożyczki udzielonej przez udziałowca, to został on pobrany nielegalnie i powinien zostać zwrócony jako nadpłata.
Problem niezgodności opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych pożyczek od udziałowców i akcjonariuszy z prawem wspólnotowym pojawił się, gdy w 2006 r. dokonano nowelizacji ustawy o PCC. Nowelizacja uchyliła z dniem 1 stycznia 2007 r. zwolnienie z opodatkowania przewidziane dla pożyczek udzielonych spółce przez udziałowców lub akcjonariuszy, wprowadzone wcześniej w związku z akcesją Polski do UE w dniu 1 maja 2004 r. W efekcie uchylenia zwolnienia tego rodzaju pożyczka udzielona w okresie od dnia 1 stycznia 2007 r. do 31 grudnia 2008 r. była traktowana jak wniesienie kapitału do spółki i opodatkowana według stawki 0,5%.
Ponowne wprowadzenie opodatkowanie pożyczek od udziałowców i akcjonariuszy w 2007 r. było jednak niezgodne z przepisami Dyrektywy dotyczącej podatków od gromadzenia kapitału z dnia 17 lipca 1969 r. (Dyrektywa Rady nr 69/335/EWG). Dyrektywa ta zakazuje m.in. wprowadzania podatków, które mogą utrudnić spółkom pozyskiwanie finansowania. Po wejściu do Unii Europejskiej Polska nie miała zatem prawa pobierać podatku od tego rodzaju pożyczek. Ministerstwo Finansów uzasadniając jednak zniesienie zwolnienia z PCC począwszy od 1 stycznia 2007 r. utrzymywało, że nie ma niezgodności z prawem wspólnotowym. Uzasadniając swoje stanowiska powoływano się na przepisy przejściowe Dyrektywy z 1985 r. oraz ówcześnie obowiązujące w PRL prawo podatkowe.
Podstawa prawna: ustawa o podatku od czynności cywilnoprawnych