Rozporządzenie określa wysokość wynagrodzenia na 0,3% kwoty podatków pobranych na rzecz budżetu państwa. Z przepisów Ordynacji podatkowej wynika jednoznacznie, że wynagrodzenie przysługuje tylko od podatków pobranych i terminowo wpłaconych. Z kolei z przepisów rozporządzenia wynika, że wynagrodzenie jest pobierane poprzez potrącenie od kwoty podatków pobranych. Jest to jedyny tryb jaki przepisy przewidują dla poboru tego wynagrodzenia w oznacza to, że nie jest możliwe dochodzenie tego wynagrodzenia np. poprzez wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Nie oznacza to, że nie ma technicznej możliwości poboru takiego zaległego wynagrodzenia – można tego dokonać poprzez potrącenie z bieżącej wpłaty i korektę deklaracji o pobranych zaliczkach na podatek dochodowy jeżeli w deklaracjach pierwotnych kwota wynagrodzenia nie została wykazana (do 2006: PIT-4, od 2007: PIT-4R). Do korekty deklaracji należy dołączyć wyjaśnienia. W związku z powyższym jeśli w kwietniu 2009 r. podatnik decyduje się na pobranie zaległego wynagrodzenia, którego nie pobrał w 2007 r. powinien zaległe wynagrodzenie potrącić z bieżącej wpłaty podatków pobranych na rzecz budżetu państwa i skorygować deklarację PIT-4R za 2007 r. oraz przygotować wyjaśnienia do tej korekty.

Przepisy nie precyzują w jakim terminie wynagrodzenie powinno być pobrane co oznacza, że w przypadku braku potrącenia przez płatnika w bieżącym okresie, wynagrodzenie może być pobrane w innym okresie rozliczeniowym, z uwzględnieniem ograniczeń wynikających z przedawnienia roszczeń. Powyższe stanowisko znajduje potwierdzenie w pismach organów podatkowych. Ministerstwo Finansów w piśmie Podsekretarza Stanu z 26 marca 1998 r. (sygn. RS-7250-487/OP/O/98/ZB), stanęło na stanowisko, że „ordynacja podatkowa nie zawiera przepisu nakazującego płatnikom dokonywania potrąceń należnego im wynagrodzenia w tym samym miesiącu, w którym wpłacili uprzednio pobrany podatek. Oznacza to, że nie ma jakichkolwiek przeciwwskazań prawnych do potrącania wynagrodzeń raz na kwartał, czy też raz do roku”. Podobnie wypowiedział się na ten temat Naczelnik Urzędu Skarbowego Kraków Stare Miasto, który w postanowieniu z 28 listopada 2006 r. (sygn. PO/436-10/06/BK) uznał, iż „nie został (…) ściśle określony końcowy termin, w którym to wynagrodzenie może zostać pobrane. Tym samym można twierdzić iż wynagrodzenie można pobrać w dowolnym miesiącu, za dowolny okres”.

Kwestia przedawnienia roszczenia o wypłatę niedobranego wynagrodzenia również nie jest precyzowana przez przepisy podatkowe. Ponieważ zobowiązanie nie spełnia definicji zobowiązania podatkowego, do przedawnienia roszczeń o jego wypłatę nie znajdą zastosowanie przepisy Ordynacji podatkowej o przedawnieniu zobowiązań podatkowych. Jednocześnie z uwagi na fakt, iż wynagrodzenie nie można dochodzić w trybie wniosku o stwierdzenie nadpłaty, w tym przypadku nie stosuje się przepisów o upływie terminu do złożenia takiego wniosku.

W takiej sytuacji zastosowanie znajdą przepisy kodeksu cywilnego dotyczące przedawnienia. Wynagrodzenie płatnika określone w art. 28 § 1 Ordynacji podatkowej jest świadczeniem okresowym i związanym z działalnością gospodarczą płatnika. W takiej sytuacji obowiązuje trzyletni okres przedawnienia (art. 118 k.c.). W związku z powyższym terminem granicznym, za jaki płatnikowi przysługuje niedobrane wynagrodzenie jest okres 3 lat od dnia, w którym płatnik nabył prawo do pobrania wynagrodzenia. Niemniej jednak w przypadku potrącenia wynagrodzenia z bieżącej wpłaty płatnik powinien także złożyć korektę deklaracji, a więc w praktyce można w tym przypadku skorygować deklaracje za okres ostatnich trzech lat.