Opisywana regulacja prawna, obowiązująca od 1 grudnia 2008 r. stanowi dla wielu podatników utrudnienie związane z koniecznością potwierdzenia odbioru faktury VAT nawet w przypadku, gdy dotyczy ona transakcji zwolnionej lub też świadczenia usług opodatkowanego poza terytorium kraju, czyli w sytuacji gdy jedynie podstawa opodatkowaniu ulega pomniejszeniu. Co prawda w ostatnim czasie sądy administracyjne wydawały korzystne dla podatników orzeczenia, iż mają oni prawo do pomniejszenia kwoty podatku należnego, wynikającego z wystawionej faktury korygującej w momencie jej wystawienia, bez konieczności uzyskania potwierdzenia odebrania faktury przez odbiorcę. Sądy wskazały niejednokrotnie, iż krajowe regulacje pozostają w sprzeczności z podstawową zasadą dotyczącą podatku VAT – proporcjonalnością. Przy czym należy zaznaczyć, iż zasada proporcjonalności uniemożliwia wprowadzania do porządku prawnego przepisów nieproporcjonalnych do realizowanego celu, które to dodatkowo uniemożliwiają w określonych sytuacjach skorzystanie z przysługujących podatnikowi praw (m. in. prawa do określenia podstawy opodatkowania jako kwoty należnej pomniejszonej o udzielone rabaty. Co prawda art. 90 ust. 1 Dyrektywy 112/2006 nadaje państwom członkowskim prawo do ustalenia warunków dotyczących obniżania podstawy opodatkowania, jednakże regulacje te nie powinny jednak naruszać zasady neutralności VAT ani też wprowadzać uciążliwych warunków proceduralnych trudnych do spełnienia przez podatników. Niewątpliwie do tego rodzaju uciążliwości należy zaliczyć unormowany w art. 29 ust. 4a ustawy o VAT możliwość obniżenia podstawy opodatkowania oraz podatku należnego w momencie posiadania potwierdzenia odebrania faktury korygującej przez odbiorcę.
Niestety uchwalona przez Sejm nowelizacja ustawy o VAT, która ma wejść w życie od 1 stycznia 2011 r., o ile Senat nie wniesie do niej jakichś poprawek, przewiduje likwidację obowiązku uzyskiwania potwierdzeń odebrania faktury korygującej przez nabywcę, jeżeli zmniejszeniu uległa jedynie podstawa opodatkowania. Tym samym podatnicy zyskają możliwość rozliczania w momencie wystawienia faktury korygującej czynności zwolnione z opodatkowania VAT, opodatkowane stawką 0% oraz opodatkowane VAT poza terytorium kraju.