W oparciu o przedstawiony stan faktyczny należy stwierdzić, iż Czytelnik otrzymał dwie faktury VAT dokumentujące jedną transakcję. W związku z tym jedna z tych faktur jest tzw. „pustą fakturą”, czyli fakturą, która nie dokumentującą żadnej rzeczywiście dokonanej czynności. Powyższe sprawia, iż Czytelnikowi z pewnością nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z obydwu faktur.
Należy również wskazać na pewne ryzyko podatkowe związane z treścią art. 88 ust. 3a pkt 3 lit. a ustawy o VAT, zgodnie z którym nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku, gdy wystawiono więcej niż jedną fakturę dokumentującą tę samą sprzedaż. Taka sytuacja ma miejsce właśnie w przedmiotowym stanie faktycznym, w którym zostały wystawione dwie faktury, dokumentujące jedną transakcję.
Jednakże założenie, iż w związku z wystawieniem dwóch faktur przez kontrahenta nabywca utracił prawo do odliczenia podatku naliczonego jest zbyt rygorystyczne. Powyższe stanowisko znajduje w orzeczeniu Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 11 marca 2005 r. sygn. akt FSK 1292/2004. Co prawda wskazany wyrok dotyczył stanu prawnego sprzed 1 maja 2004 r., niemniej jednak w omawianym zakresie pozostaje nadal aktualny. W przytoczonym orzeczeniu NSA wskazał bowiem, iż podstawową cechą konstrukcyjną podatku od towarów i usług jest prawo do odliczenia podatku naliczonego. Natomiast ograniczenie tego prawa, jako mające charakter wyjątków od zasady, muszą być jasno i jednoznacznie sformułowane w obowiązujących przepisach. W każdym razie, w wypadku wątpliwości związanych ze stosowaniem przepisów wprowadzających odstępstwa od omawianej zasady, należy przepisy te tak interpretować, aby w jak najmniejszym stopniu ograniczać zasadę neutralności podatku. Z tego powodu zdaniem NSA, ograniczenie takie nie dotyczy sytuacji, w których wystawienie większej ilości faktury nastąpiło wyłącznie w wyniku oczywistych błędów popełnionych przez sprzedawcę.
W odniesieniu do analizowanego stanu faktycznego należy zauważyć, iż zastosowanie zasady neutralności w takich sytuacjach ma zapewnić powiązanie prawa do odliczenia podatku VAT z obowiązkiem zapłaty podatku należnego obciążającego wystawcę faktury. Zgodnie z regulacjami VI Dyrektywy, a obecnie, z art. 167 Dyrektywy 2006/112/WE prawo do odliczenia podatku powstaje z chwilą powstania obowiązku podatkowego, w odniesieniu do podatku podlegającego odliczeniu. Oznacza to, że podatnik-nabywca może dokonać odliczenia podatku dopiero z chwilą, kiedy u podatnika-dostawcy powstanie obowiązek podatkowy(podatek staje się wymagalny). Takie powiązanie momentu powstania obowiązku zapłaty podatku należnego u dostawcy, z prawem odliczenia tego podatku u nabywcy ma zapewnić prawidłową realizację zasady neutralności oraz stabilizację budżetową, czyli równowagę wpływów i wydatków w państwach członkowskich.
Reasumując powyższe należy stwierdzić, iż Czytelnik posiada prawo do odliczenia podatku VAT wynikającego z pierwszej faktury VAT dokumentującej przedmiotową transakcję.
