Należy zauważyć, że zarówno nabycie praw do tzw. know-how zarówno w drodze zakupu, jak i uzyskania licencji podlega opodatkowaniu w Polsce. Zgodnie z UPDOP podstawowa stawka podatku wynosi 20%, a obowiązek poboru podatku u źródła ciąży na podmiocie wypłacającym należność licencyjną.
Warto jednak zwrócić uwagę, iż sam fakt wskazania w UPDOP danego rodzaju płatności jako podlegającej podatkowi u źródła w Polsce nie oznacza, że podmiot wypłacający faktycznie powinien pobrać taki podatek. Przepisy UPDOP należy bowiem stosować z zastrzeżeniem obowiązujących Polskę umów o unikaniu podwójnego opodatkowania. Większość obowiązujących Polskę umów o unikaniu podwójnego opodatkowania przewiduje obniżoną stawkę dla opodatkowania w państwie źródła należności licencyjnych wypłacanych przez polskiego podatnika do osoby będącej rezydentem drugiego państwie (przykładowo 5% umowa z Niemcami, Wielką Brytania, Holandią, 10% umowa z USA, Chinami).
Ponadto, również na mocy przepisów UPDOP implementujących Dyrektywę 2003/49/WE w niektórych przypadkach istnieje możliwość zastosowania obniżonej stawki 5%. Może ona mieć zastosowanie do płatności spełniających warunki z art. 21 ust. 3 i nast. UPDOP tj., ogólnie mówiąc, do należności licencyjnych wypłacanych do podmiotu powiązanego, będącego podatnikiem w jednym z państw członkowskich Unii Europejskiej, a także, pod pewnymi warunkami, jego zakładu w rozumieniu międzynarodowego prawa podatkowego.
Zatem w sytuacji, gdy umowa o unikaniu podwójnego opodatkowania zawarta z danym państwem UE przewiduje wyższą stawkę podatku u źródła, korzystniejszym rozwiązaniem jest zastosowanie przepisów UPDOP i pobranie podatku u źródła według 5% stawki. Obniżona stawka 5% będzie stosowana do 30 czerwca 2013 r., a od 1 lipca 2013 r. należności licencyjne wypłacane do kwalifikowanych podmiotów będą zwolnione z podatku w państwie źródła.
Należy pamiętać, iż zastosowanie obniżonej stawki podatku bądź jego niepobranie w ogóle (jeśli wynika to z umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania lub z polskich przepisów implementujących Dyrektywę) możliwe jest pod warunkiem udokumentowania miejsca siedziby odbiorcy płatności dla celów podatkowych za ważnego pomocą certyfikatu rezydencji. Przepisy UPDOP nie precyzują formalnych wymogów dotyczących certyfikatu rezydencji. W praktyce należy jednak zadbać, aby potwierdzał on rezydencję podatkową kontrahenta, tj. jego rejestrację dla celów podatku dochodowego (a nie przykładowo VAT), a także aby był aktualny, tj. potwierdzał rezydencję podatkową kontrahenta na dzień dokonania płatności.
Podstawa prawna: art. 21 ust. 1 pkt 1 oraz ust. 3 UPDOP, umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania