W sposób odmienny należy bowiem rozliczać nadpłaty powstałe w rozliczeniach pieniężnych z kontrahentami.

Trzeba bowiem zaznaczyć, iż stosownie do treści art. 19 ust. 11 ustawy o podatku od towarów i usług (zwanej dalej ustawą o VAT) jeżeli przed wydaniem towaru lub wykonaniem usługi otrzymano część należności, w szczególności: przedpłatę, zaliczkę, zadatek, ratę, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą jej otrzymania w tej części obowiązek podatkowy w podatku VAT powstaje z chwilą otrzymania. Należy jednak zwrócić uwagę, iż ustawodawca nie określił w przepisach dotyczących podatku VAT pojęcia przedpłat czy też zaliczek.

Charakter prawny zaliczki wynika natomiast z art. 743 kodeksu cywilnego, zgodnie z którym zaliczki może żądać przyjmujący zlecenie, jeżeli wykonanie zlecenia wymaga wydatków. Tym samym pojęcia „zaliczka” używa się na określenie pewnej kwoty pieniężnej świadczonej drugiej stronie, na poczet wykonania umowy.

Przy omawianiu zagadnienia zaliczek oraz przedpłat należy zwrócić uwagę na stanowisko prezentowane w tej kwestii przez Europejski Trybunał Sprawiedliwości w precedensowym wyroku z dnia 21 lutego 2006 r. w sprawie BUPA Hospitals Ltd., Goldsborough Developments Ltd przeciwko Commissioners (sygn. C-419/02) , w którym to orzeczeniu ETS uznał, iż „zapłata następująca przed wykonaniem dostawy nieokreślonych towarów rodzajowo wykazanych na liście, z której nabywca może w przyszłości wybrać jeden lub kilka artykułów albo nie wybrać żadnego, w okolicznościach gdzie nabywca może w każdym razie zawsze jednostronnie wypowiedzieć umowę i odzyskać zapłaconą kwotę niewykorzystaną jeszcze do nabycia towarów wskazanych na liście, lecz niewyszczególnionych przez nabywcę, nie może być uznana za dokonaną „przed wykonaniem dostawy towarów lub świadczenia usług, a zatem nie powoduje ona, iż podatek staje się wymagalny w momencie otrzymania płatności i od jej wysokości” . ETS podkreślił, że instytucja przedpłaty nie jest odrębnym przedmiotem opodatkowania, a jedynie powoduje przyspieszenie powstania obowiązku podatkowego wynikającego ze zdarzenia opodatkowanego np. wykonania usługi. Jednakże, aby obowiązek podatkowy powstał wraz z dokonaniem przedpłaty, niezbędne jest to by w chwili dokonywania przedpłaty znane były stronom wszystkie istotne dane dotyczące przyszłej transakcji, z którą związana jest przedpłata.

Mając na względzie powyższe należy przyjąć, iż obowiązek podatkowy w przypadku dokonania nadpłaty przez kontrahenta powstaje dopiero z chwilą podjęcia przez nabywcę decyzji o przeznaczeniu kwoty stanowiącej nadpłatę. Natomiast do tego czasu otrzymujący nadpłatę nie jest zobowiązany do rozpoznania obowiązku podatkowego.