Nowa reguła ma stanowić, że podstawą opodatkowania będzie być wszystko, co stanowi zapłatę otrzymaną, lub którą usługodawca ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z otrzymanymi dotacjami, subwencjami i innymi dopłatami o podobnym charakterze związanymi bezpośrednio z ceną towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika. Podstawa opodatkowania nie obejmuje samego podatku – w tym zakresie nie dokonano merytorycznej zmiany. W przypadku gdy przed dokonaniem dostawy towaru lub wykonaniem usługi podatnik otrzymał całość lub część zapłaty, w szczególności przedpłatę, zaliczkę, zadatek lub ratę, ich kwota, pomniejszona o przypadającą od nich kwotę podatku, również wchodzi do podstawy opodatkowania. W projekcie ponadto proponuje się wprowadzenie zamiast wyrażenia „bezpośredni wpływ na cenę” sformułowanie: „związane bezpośrednio z ceną” odnośnie dotacji, subwencji i innych dopłat. Zgodnie z uzasadnieniem projektu zmiana ma na celu jednoznaczne wskazanie, że w związku z czynnościami podlegającymi opodatkowaniu uwzględniane są wszelkie otrzymywane kwoty związane z ich wykonaniem (związane bezpośrednio z ceną).
W przypadku przekazania na cele osobiste towaru, przy nabyciu którego nie przysługiwało częściowe lub całkowite prawo do odliczenia, natomiast przy nabyciu części składowych towaru prawo takie przysługiwało, podstawą opodatkowania będzie cena nabycia części składowych tego towaru, określona w momencie tego przekazania co stanowi realizację tez zawartych w orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (C-322/99 i C-323/99).
Podstawę opodatkowania czynności maklerskich, czynności wynikających z zarządzania funduszami inwestycyjnymi, czynnościami wynikających z umowy agencyjnej lub zlecenia, pośrednictwa, umowy komisu lub innych usług o podobnym charakterze, określać się będzie na zasadach ogólnych, o których mowa w art. 29a ust. 1.
Omawiana zmiana może istotnie wpłynąć na prowadzoną przez firmy politykę rachunkowo-podatkową i wiązać się może z koniecznością dostosowania programów finansowo księgowych, jak i podnoszeniem kwalifikacji personelu odpowiedzialnego za aspekty podatkowe i księgowe w firmie.