Celem przygotowania dokumentacji cen transferowych jest nie tylko wypełnienie wymogów nałożonych na podatnika przez ustawy, ale również dokładny opis przebiegu transakcji z podmiotem powiązanym i wyjaśnienie już na etapie sporządzania dokumentacji ewentualnych wątpliwości czy pytań organów podatkowych. Pozwala to często na uniknięcie dalszych sporów z organami podatkowymi, jak również umożliwia zidentyfikowanie przez podatnika ryzyk związanych z transakcjami zawieranymi z podmiotami powiązanymi i podjęcie działań w celu ich ograniczenia.

Obowiązek przygotowania dokumentacji dla transakcji zawieranych przez podatnika z podmiotami powiązanymi regulowany jest w artykule 9a Ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz w artykule 25a Ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (łącznie: „Ustawy”). Co do zasady, obowiązek obejmuje podatników, zawierających w danym roku podatkowym transakcje z podmiotami powiązanymi o wartości przekraczającej wymienione w Ustawach kwoty w EUR (od 30 000 EUR do 100 000 EUR w zależności od typu transakcji) i / lub transakcje z podmiotami (niekoniecznie powiązanymi), mającymi siedzibę w krajach uznanych za raje podatkowe, przekraczające kwotę 20 000 EUR rocznie.

Ustawy wymieniają następujące elementy, które powinny zostać zawarte w dokumentacji cen transferowych:

a. Analiza funkcji, ryzyk i aktywów dla obu stron dokumentowanej transakcji,
b. Wskazanie kosztów związanych z transakcją oraz formy i terminu zapłaty,
c. Metoda i sposób kalkulacji zysków i określenie ceny przedmiotu transakcji.
d. Opis strategii gospodarczej oraz innych działań w jej ramach,
e. Opis innych czynników i okoliczności, mających znaczenie dla dokumentowanej transakcji,
f. Określenie korzyści, przewidywanych w związku z nabyciem świadczeń (w tym usług) niematerialnych.

Elementy wymienione w punktach d. i e. powinny zostać uwzględnione w dokumentacji w sytuacji, kiedy stosowana strategia gospodarcza i inne czynniki miały wpływ na wartość transakcji z podmiotem powiązanym.

Przepisy Ustaw nie zawierają informacji na temat formy, w jakiej dokumentacja powinna zostać przygotowana. W praktyce więc, forma dokumentacji pozostaje dowolna. Jedyna restrykcja dotyczy faktu, że musi ona zawierać wszystkie obligatoryjne dla dokumentacji elementy (wskazane powyżej). W sytuacji, w której brakuje jednego lub więcej elementów, dokumentacja cen transferowych może zostać odrzucona przez organ podatkowy jako nie spełniająca wymogów ustawowych.

Dokumentacja cen transferowych ma za zadanie prezentować stan faktyczny dla danej transakcji w dokumentowanym okresie. Z tego względu, w przypadku wystąpienia rozbieżności pomiędzy stanem faktycznym w transakcji a np. zapisami umowy (stanowiącej podstawę zawarcia transakcji), w dokumentacji należy zawsze umieścić informacje o tym, co miało miejsce w rzeczywistości. W przypadku bowiem zidentyfikowania różnic pomiędzy stanem faktycznym a opisem w dokumentacji, organy podatkowe mogłyby zakwestionować dokumentację jako niezgodną z faktycznym przebiegiem i warunkami transakcji.