Wykazany VAT musi zostać zapłacony nawet jeżeli nie doszło do sprzedaży, względnie sprzedaż nie podlegała opodatkowaniu lub była zwolniona od podatku. Wynika to ze specyfiki bezpieczeństwa obrotu gospodarczego. W konsekwencji jest to szczególny przypadek samoistnego powstania obowiązku podatkowego w efekcie samego wystawienia faktury wykazującej kwotę podatku VAT. Obowiązek ten ma charakter sankcyjny. Powyższy przepis kreuje obowiązek zapłaty podatku wykazanego na fakturze niezależnie od regulacji dotyczących obowiązku podatkowego i zobowiązania podatkowego.

W orzecznictwie podkreśla się, iż przepis ten ma zastosowanie w każdym przypadku, gdy zostanie wystawiona faktura, również gdy nie dokumentuje ona żadnej wykonanej czynności tj. transakcji, która w ogóle w rzeczywistości nie miała miejsca (wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z 15 września 2009 r. o sygn. akt I SA/Kr 1365/08).

Obowiązek powyższy dotyczy faktury wystawionej, tj. wprowadzonej do obrotu. W orzecznictwie sądów administracyjnych zauważa się, iż nie rodzi obowiązku zapłaty podatku taka faktura, która została wprawdzie sporządzona dla podmiotu zamawiającego usługę, lecz do realizacji zamówienia nie doszło, gdyż zamawiający odwołał zamówienie i nie doszło do wprowadzenia faktury do obrotu prawnego, rozumianego jako doręczenie jej kontrahentowi. Jedynie faktura, która została sporządzona i niewprowadzona do obrotu prawnego, nie skutkuje obowiązkiem zapłaty wykazanego w niej podatku od towarów i usług (tak np. Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie z 10 grudnia 2009 r. I SA/Ol 500/09).

Faktura wystawiona zgodnie z powyższymi zasadami może zostać skorygowana. Zgodnie z przepisami powszechnie obowiązującego prawa w razie stwierdzenia pomyłki w cenie, stawce lub kwocie podatku bądź w jakiejkolwiek innej pozycji faktury wystawia się fakturę korygującą. Zatem obniżenie lub podwyższenie podatku VAT należnego wykazanego w fakturze VAT może nastąpić dopiero z chwilą wystawienia stosownej faktury korygującej do przedmiotowej faktury VAT. Do tego czasu, podatek wykazany w fakturze VAT jest bowiem podatkiem należnym.

Ponadto należy zaznaczyć, iż w ramach swojego rodzaju odstępstwa od zasady neutralności, faktura, która co prawda została wystawiona i zawiera podatek VAT, ale nie dokumentuje żadnej faktycznej transakcji, nie uprawnia odbiorcy takiej faktury do odliczenia VAT.

W wyroku Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości w sprawie C–342/87 (Genius Holding) zostało potwierdzone, iż prawo do odliczenia przysługuje wyłącznie w stosunku do podatku VAT naliczonego zgodnie z prawem.