Do 31 grudnia 2008 r. przepisy ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (zwanej dalej ustawą o pdop) bezpośrednio wskazywały brak obowiązku rozpoznawania przychodu z tytułu nieodpłatnego udostępnienia nieruchomości bądź ich części na cele działalności związków zawodowych (art. 13 ust. 2 pkt 2 ustawy o pdop). Jednocześnie przepis art. 16 ust. 1 pkt 24 ustawy stanowił, że nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków związanych z nieruchomością w przypadku nieodpłatnego udostępnienia nieruchomości bądź jej części na cele związane z działalnością organizacji związkowej. Zatem w stanie prawnym obowiązującym do końca 2008 roku, na podstawie przepisów ustawy w przypadku nieodpłatnego udostępniania nieruchomości na rzecz związków zawodowych, podatnik nie był zobowiązany do rozpoznania przychodów z tego tytułu ani też nie miał możliwości uznania za koszt uzyskania przychodów wydatków związanych z użyczoną nieruchomością. Zasadę tę potwierdził Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 28 sierpnia 2009 r. (sygn. II FSK 517/08), zgodnie z którym wydatki związane z funkcjonowaniem organizacji związkowej nie stanowią kosztów uzyskania przychodów. Sąd uznał bowiem, że przedmiotowych wydatków nie można  w żaden sposób powiązać z uzyskiwanym przychodem.

Natomiast z dniem 1 stycznia 2009 r. uchylony został art. 13 ustawy,  w związku z czym podatnicy, którzy udostępniają nieodpłatnie nieruchomości, w tym organizacjom związkowym, w ogóle nie mają obowiązku rozpoznawania przychodu z tego tytułu. Konsekwentnie uchylono art. 16 ust. 1 pkt 24 ustawy, dotyczący kosztów związanych z nieodpłatnie udostępnioną nieruchomością. Natomiast nadal obowiązuje art. 16 ust. 1 pkt 63 lit. c ustawy, zgodnie z którym nie uznaje się za koszt uzyskania przychodów odpisów amortyzacyjnych od wartości początkowej środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych oddanych do nieodpłatnego używania – za miesiące, w których składniki te były oddane do nieodpłatnego używania. Tym samym w sytuacji, w której podatnik udostępnia nieodpłatnie nieruchomość bądź inny środek trwały związkom zawodowym z przeznaczeniem na cele statutowe, zobowiązany on jest wyłączyć z kosztów podatkowych odpisy amortyzacyjne dokonywane w okresie jego używania.

W tym miejscu warto zaznaczyć, iż w myśl art. 15 ust. 6 ustawy kosztem uzyskania przychodów są odpisy z tytułu zużycia środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych (odpisy amortyzacyjne) dokonywane wyłącznie zgodnie z przepisami art. 16a-16m, z uwzględnieniem art. 16. Z kolei na mocy z art. 16a ustawy, jednym z warunków dokonywania odpisów amortyzacyjnych jest wykorzystywane danego środka trwałego lub wartości niematerialnej i prawnej na potrzeby związane z prowadzoną działalnością gospodarczą. Zatem należałoby uznać, że w sytuacji, w której związek zawodowy wykorzystuje na cele swojej działalności jedno pomieszczenie, a pozostała część nieruchomości przeznaczona jest na cele działalności gospodarczej podatnika, przepis art. 16 ust. 1 pkt 63 lit. c ustawy nie może mieć zastosowania. Możliwe jest tym samym  podniesienie argumentacji, że wydzielona na rzecz związków zawodowych  przestrzeń nie spełnia ustawowej definicji środka trwałego, a budynek jest nadal wykorzystywany na potrzeby działalności gospodarczej.

Przytoczony  art. 16 ust. 1 pkt 63 lit. c ustawy nie powinien mieć zastosowania również w sytuacji, w której spełnione zostają ustawowe warunki do zaliczenia odpisów amortyzacyjnych jako kosztów uzyskania przychodów, jednakże ze środka trwałego lub wartości niematerialnej i prawnej korzysta również członek organizacji związkowej w związku z wykonywaniem zadań statutowych organizacji (np. samochód lub urządzenia biurowe). Tylko w przypadku gdy konkretny środek trwały był w pełnym zakresie przeznaczony do użytku związków zawodowych powstanie obowiązek wyłączenia dokonanych odpisów amortyzacyjnych z kosztów uzyskania przychodu.

W analizie możliwości zaliczenia do kosztów uzyskania przychodu wydatków na rzecz związków zawodowych istotną rolę odgrywa definicja tych kosztów zawarta w art. 15 ust. 1 ustawy. Zgodnie z nią kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia ich źródła, z wyjątkiem kosztów wskazanych w art. 16 ust. 1. Wydatki mające związek z działalnością związków zawodowych nie zostały ujęte w katalogu wyłączeń zawartym w art. 16 ust. 1. Zatem uznanie ich za koszt podatkowy zależy od istnienia związku przyczynowo-skutkowego między ich ponoszeniem a osiąganymi przychodami, zachowaniem lub zabezpieczeniem ich źródła.

Należy zaznaczyć, iż przepisy ustawy o związkach zawodowych nie nakładają bowiem obowiązku udostępniania lokalu oraz urządzeń technicznych nieodpłatnie. Przedmiotowe regulacje wskazują jedynie, że należy udostępnić organizacji związkowej pomieszczenie wraz z infrastrukturą techniczną. Brak jest również możliwości wskazania na związek ponoszonych wydatków z zamiarem podatnika osiągnięcia przychodów podlegających opodatkowaniu podatkiem dochodowym. Niemniej jednak możliwa jest argumentacja, że działania podatnika umożliwiające sprawne funkcjonowanie związków zawodowych jest działaniem związanym ze skalą prowadzonej działalności gospodarczej i ma ono celu zachowanie źródła przychodów.

Nie można również pominąć zagadnienia wydatków ponoszonych na podróże pracownika , których cel jest związany z działalnością statutową organizacji związkowej. W takim przypadku zwrot kosztów wyjazdów oraz wypłata diet działaczom związkowym nie może być uznana za wypłatę należności na pokrycie kosztów związanych z podróżą służbową, o której mowa w art. 775 § 1 kodeksu pracy. Przywołany przepis  wskazuje bowiem, że pokrycie kosztów związanych z podróżą służbową przysługuje pracownikowi wykonującemu zadania służbowe na polecenie pracodawcy. Natomiast wyjazdy pracowników w celach związkowych nie spełniają definicji podróży służbowej. Oznacza to, że ponoszenie przedmiotowych wydatków nie stanowi realizacji obowiązków wynikających z przepisów kodeksu pracy. Konsekwentnie, wydatki takie nie mogą być uznane za koszty uzyskania przychodów.