Podkreślić należy, iż podstawą prawną funkcjonowania systemu statystyki  INTRASTAT na szczeblu wspólnotowym jest rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (WE) Nr 638/2004 z dnia 31 marca 2004 roku, w sprawie danych statystycznych Wspólnoty odnoszących się do handlu towarami między Państwami Członkowskimi oraz Rozporządzenie Komisji (WE) Nr 1982/2004 z dnia 18 listopada 2004 r., wykonujące przepisy rozporządzenia Nr 638/2004. W porządku krajowym obowiązek składania deklaracji INTRASTAT nakładają przepisy ustawy z 19 marca  2004 r. Prawo Celne. Szczegółowy tryb, termin i sposób dokonywania zgłoszeń, a także sposób wypełniania formularzy, ich wzory oraz właściwość organów celnych określone natomiast zostały w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 21 kwietnia 2004 r. w sprawie zgłoszeń INTRASTAT.

Całokształt powyższych przepisów wskazuje na to, że obowiązkowi zgłoszenia do systemu (czyli ujęcia w deklaracji INTRSTAT) podlega fizyczny przepływ towarów wspólnotowych z jednego państwa członkowskiego do innego państwa Unii Europejskiej. Tym samym otrzymane przez Spółkę zaliczki nie podlegają wykazaniu w deklaracji INTRSTAT. W deklaracji INTRSTAT wykazuje się bowiem faktyczne przepływy towarów a nie pobrane na poczet dostaw należności.

Uwzględniając powyższe należy stwierdzić, iż polski podatnik nie powinien wykazywać otrzymywanych oraz regulowanych przez niego zaliczek w obrocie wewnątrzwspólnotowym w  deklaracji INTRASTAT.

Określając obowiązek wykazywania zaliczek w informacji podsumowującej należy zaznaczyć, iż art. 100 ustawy o podatku od towarów i usług, nakłada na podatników zarejestrowanych jako podatnicy VAT UE, dokonujących czynności wewnątrzwspólnotowego nabycia lub dostawy towarów, obowiązek składania informacji podsumowujących . Informacje te mają zawierać
dane o dokonanych wewnątrzwspólnotowych nabyciach i dostawach towarów, za okresy kwartalne. Terminem przewidzianym na ich złożenie jest 25 dzień miesiąca, po kwartale, w którym powstał obowiązek podatkowy.

Zatem powstanie obowiązku podatkowego z tytułu zaliczek na poczet transakcji wewnątrzwspólnotowych nakłada na podatników obowiązek uwzględnienia w informacji podsumowującej wspomnianych kwot. Należy jednak mieć na uwadze, iż zgodnie z art. 20 ust. 3 oraz art. 20. ust. 7 ustawy o VAT obowiązek podatkowy z tytułu zaliczek na poczet transakcji wewnątrzwspólnotowych powstaje z chwilą wystawienia faktury. Tym samym w braku wystawienia faktury przez podatnika polskiego, bądź jego wewnątrzwspólnotowego kontrahenta, która dokumentowałaby zaliczkę, obowiązek podatkowy w podatku VAT nie powstanie, a tym samym podatnik nie będzie wykazywał zaliczki w informacji podsumowującej.