Zmiana ta jest konsekwencją wejścia w życie ustawy z dnia 16 listopada 2012 r. o redukcji niektórych obciążeń administracyjnych w gospodarce. Instytucja wymiaru uzupełniającego polega na tym, iż w sytuacji gdy zobowiązanie podatkowe zostało ustalone w wysokości niższej od należnej, organ odwoławczy w toku postępowania odwoławczego może zwrócić sprawę organowi pierwszej instancji w celu dokonania wymiaru uzupełniającego poprzez zmianę decyzji wydanej w pierwszej instancji.

Instytucja wymiaru uzupełniającego jest niekorzystana dla podatników, gdyż umożliwia pogorszenie ich sytuacji prawnej w toku postępowania odwoławczego. W praktyce zatem dokonanie wymiaru uzupełniającego stanowi wyjątek od zakazu reformationis in peius, zgodnie z którym nie można nakładać w toku postępowania odwoławczego na podatników nowych obowiązków, które nie były objęte decyzją wydaną w pierwszej instancji. Od 1 stycznia 2013 r. skasowana zostanie możliwość pogarszania sytuacji podatników poprzez dokonanie wymiaru uzupełniającego. Organ odwoławczy nie będzie już zatem mógł skierować sprawy organowi pierwszej instancji w celu zwiększenia wysokości podatku. Pamiętać jednak należy, iż zgodnie z przepisami przejściowymi w sprawach zwróconych organowi pierwszej instancji w celu dokonania wymiaru uzupełniającego przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy tj. przed 1 stycznia 2013 r. dalej będzie możliwe zwiększenie wysokości podatku w trybie wymiaru uzupełniającego.

Możliwość prawna dokonania wymiaru uzupełniającego znika z początkiem nowego roku. Nie oznacza to jednak, iż nigdy sytuacja podatników nie będzie mogła ulec pogorszeniu w wyniku wniesienia odwołania. Zgodnie z bowiem z art. 234 Ordynacji podatkowej, który statuuje zakaz  reformationis in peius organ odwoławczy nie może wydać decyzji na niekorzyść strony odwołującej się, chyba że zaskarżona decyzja rażąco narusza prawo lub interes publiczny.  Przy czym zgodnie z wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 4 kwietnia 2011 r. III SA/Wa 2062/2010, wydanie decyzji na niekorzyść strony należy rozumieć w ten sposób, że uprawnienie podatnika wynikające z decyzji podatkowej nie powinno być węższe, zaś obowiązek szerszy, niż te wynikające z decyzji organu I instancji. Obowiązki i uprawnienia podatników, wynikające z decyzji podatkowych, w ostatecznym rachunku są bowiem wyrażone kwotowo.

Warto również pamiętać, iż zakaz reformationis in peius przewidziany w art. 234 Ordynacji podatkowej skierowany jest do organu drugiej instancji rozpatrującego odwołanie. Zakaz, o którym mowa w tym przepisie, oznacza, że organ odwoławczy nie może swoją decyzją pogorszyć sytuacji strony, która wniosła odwołanie, w sytuacji gdy zdecyduje się na załatwienie sprawy w sposób odmienny od tego, w jaki sprawa została rozstrzygnięta przez organ pierwszej instancji. Zakaz reformationis in peius nie będzie miał zastosowania w tych przypadkach, gdy organ odwoławczy utrzymuje zaskarżoną decyzję w mocy, jak i wówczas gdy wydaje decyzję kasacyjną, przekazując sprawę do ponownego rozpatrzenia.