Jednym z nich jest brak możliwości odliczenia VAT w sytuacji gdy podatnik posiada fakturę od podmiotu nieistniejącego lub nieuprawnionego do wystawiania faktur VAT (art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a ustawy o VAT). Jednakże dotychczas w wielu przypadkach sądy administracyjne wskazywały, iż podatnik może odliczyć VAT z faktury wystawionej przez podmiot nieistniejący, jeżeli był w dobrej wierze odnośnie statusu swego kontrahenta. Warto jednak zwrócić na ostatnie stanowisko zajęte w tej sprawie przez NSA w wyroku z dnia 17 sierpnia 2010 r. (sygn. akt 1258/09).

W omawianym orzeczeniu Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną podatnika, który dokonał odliczenia podatku VAT z tytułu nabycia złomu na podstawie faktur wystawionych przez nieistniejący podmiot. W ustnym uzasadnieniu wyroku NSA stwierdził, iż podatnik nie posiada prawa do obniżenia kwoty podatku należnego, zwrotu różnicy podatku ani zwrotu podatku naliczonego, jeżeli nabycie zostało udokumentowane fakturami VAT wystawionymi przez podmiot nieistniejący lub nieuprawniony do wystawiania faktur (np. przez podmiot, który nie jest zarejestrowany jako podatnik VAT czynny). Jednocześnie NSA przychylił się do argumentacji podatnika, iż przepisy ustawy o VAT wprost nie nakładają na podatnika obowiązku weryfikacji statusu swojego kontrahenta. Należy jednak zwrócić uwagę, iż na mocy art. 96 ust. 13 ustawy o VAT każdy zainteresowany ma możliwość wystąpienia do właściwego naczelnika urzędu skarbowego z wnioskiem o wydanie zaświadczenia potwierdzającego status kontrahenta w zakresie rejestracji na potrzeby podatku od towarów i usług.

NSA wskazał dodatkowo, iż w przypadku braku weryfikacji statusu prawno-podatkowego kontrahenta podatnik, który jest nabywcą ponosi ryzyko związane z możliwością utraty prawa do odliczenia podatku VAT. Według sądu w opisywanej sprawie podatnik wiedział lub z łatwością mógł się dowiedzieć, że ma do czynienia z nierzetelnym podmiotem. Tym samym podatnik ten utracił możliwość odliczenia podatku naliczonego.