Zgodnie z art. 676 Kodeksu cywilnego, jeżeli najemca ulepszył rzecz najętą, wynajmujący, w braku odmiennej umowy, może według swego wyboru albo zatrzymać ulepszenia za zapłatą sumy odpowiadającej ich wartości w chwili zwrotu, albo żądać przywrócenia stanu poprzedniego. W momencie zakończenia umowy najmu, właściciel środka trwałego może zatem przejąć nakłady poczynione przez najemcę za odpłatnością.
Istotne z punktu widzenia oceny konsekwencji podatkowych omawianej transakcji jest rozstrzygnięcie, czy zbycie nakładów może zostać uznane za jedną z czynności podlegających opodatkowaniu VAT tj. dostawę towarów lub świadczenie usług.

Towarami w rozumieniu ustawy o VAT są rzeczy ruchome, jak również wszelkie postacie energii, budynki i budowle lub ich części, będące przedmiotem czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, które są wymienione w klasyfikacjach wydanych na podstawie przepisów o statystyce publicznej, a także grunty. Z jednej strony, przykładowo droga wybudowana na cudzym gruncie lub wzniesiony budynek stanowią towar w rozumieniu ustawy o VAT. Niemniej jednak przedmiotem zbycia w rozumieniu Kodeksu cywilnego nie będzie droga ani budynek a nakłady poczynione przez najemcę na ich wybudowanie. W świetle Kodeksu cywilnego, nakłady poniesione na cudzym gruncie są bowiem prawem majątkowym i jako takie mogą być przedmiotem zbycia (NSA w wyroku III SA 1226/02).

Opierając się na art. 47 Kodeksu cywilnego, zgodnie z którym część składowa rzeczy nie może być odrębnym przedmiotem własności i innych praw rzeczowych, organy podatkowe uznają, iż nakłady poczynione na obcym środku trwałym jako elementy, które nie mogą być od niego odłączone bez uszkodzenia lub istotnej zmiany całości albo bez uszkodzenia lub istotnej zmiany przedmiotu odłączonego, nie stanowią towaru na gruncie ustawy o VAT.

W konsekwencji, uwzględniając szeroką definicję świadczenia usług, zgodnie z którą każde świadczenie, które nie stanowi dostawy towarów uznaje się za świadczenie usług – odpłatne zbycie nakładów wykonywane w ramach działalności gospodarczej najemcy uznawane jest za świadczenie usług na rzecz właściciela środka trwałego opodatkowane 22% podatkiem VAT.

Wyłączenie opodatkowania odpłatnego zbycia nakładów jako dostawy towarów opiera się na argumentacji wynikającej z przepisów prawa cywilnego. Zagadnienie to może jednakże budzić pewne wątpliwości z uwagi na autonomię systemu VAT, co podkreślał Europejski Trybunał Sprawiedliwości w wyroku w sprawie Shipping and Forwarding Enterprises (C-320/88). ETS wskazał, iż ze względu na rozbieżności w prawie cywilnym poszczególnych państw członkowskich oraz konieczność zapewnienia zasadniczo identycznego stosowania przepisów o VAT we wszystkich państwach członkowskich, system VAT musi być oparty o kryteria oderwane od prawa cywilnego. Interpretacja przepisów ustawy o VAT w tym pojęcia „towar” wymaga zatem oderwania się od kwestii cywilnoprawnych.
W tym miejscu należy wskazać, iż mimo że nakłady poczynione przez najemcę spowodują odniesienie korzyści przez właściciela środka trwałego, w postaci ulepszenia przedmiotu jego własności, nie można właściciela traktować jako beneficjenta świadczenia, gdyż ulepszenia środka trwałego nie zostały dokonane na zamówienie, a co za tym idzie brak elementu decydującego o usługowym charakterze świadczeń.

Co więcej, płatność dokonywana na rzecz najemcy stanowi równowartość poniesionych przez niego nakładów w chwili dokonywania zwrotu. W takim ujęciu otrzymana przez najemcę kwota nie odzwierciedla w żaden sposób oczekiwań, jakie mógłby mieć świadczący usługi w stosunku do swojego wynagrodzenia.

[page_break]Fakt, iż zwracana kwota wydatków ustalana jest w odniesieniu do kosztów poniesionych przez najemcę na chwilę dokonania rozliczenia, sugeruje, iż kwota zwrotu wartości poczynionych nakładów ma charakter rekompensaty. Dokonywany zwrot nakładów jest bowiem czynnością cywilnoprawną, służącą zaspokajaniu roszczeń najemcy, a wynikających z poniesionych przez nią kosztów. Istnieją zatem podstawy, by uznać, iż odpłatne zbycie nakładów nie powinno podlegać opodatkowaniu VAT. Niemniej jednak, pomimo istniejących wątpliwości stanowisko, iż odpłatne zbycie nakładów stanowi świadczenie usług za wynagrodzeniem jest prezentowane w przeważającej części interpretacji wydawanych przez organy podatkowe (np. Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu z interpretacji z 28 stycznia 2009 r. nr ILPP1/443-1043/08-4/BP również WSA w Krakowie w wyroku z 18 września 2008 r. sygn. I SA/Kr 636/08, WSA we Wrocławiu w wyroku z 13 lutego 2007 r. sygn. I SA/Wr 1489/06). Istnieją także interpretacje przeciwne wskazujące, że zwrot nakładów nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT, gdyż nie mieści się w katalogu czynności wymienionych w art. 5 ustawy o VAT, są one jednakże odosobnione (decyzja Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 1 lutego 2005 r., sygn. PP-077/SIP/16/05).

Określając moment powstania obowiązku podatkowego na zasadach ogólnych (co wskazuje jako prawidłowe chociażby WSA we Wrocławiu w wyroku z 13 lutego 2007 r. sygn. I SA/Wr 1489/06), kluczowe jest ustalenie momentu wykonania usługi w przypadku uzyskania przez najemcę zwrotu nakładów. Wówczas najemca zobowiązany byłby wystawić fakturę dokumentującą wykonanie usługi (tj. z tytułu rozliczenia nakładów na obcy środek trwały) w ciągu 7 dni od dnia rozwiązania umowy najmu. Z chwilą rozwiązania umowy najmu dochodzi bowiem do wydania przedmiotu najmu właścicielowi.

Biorąc pod uwagę brzmienie ustawy o VAT poparte aktualnym orzecznictwem, organy podatkowe nie kwestionują obecnie, iż rozliczenie nakładów poczynionych na obcym środku trwałym powinno zostać opodatkowane VAT jako odpłatne świadczenie usług i udokumentowane fakturą VAT wystawioną nie później niż 7 dnia licząc od dnia rozwiązania umowy.