Wchodzące w życie 1 stycznia 2011 r. przepisy powstały w związku z niedawnymi zmianami w przepisach Dyrektywy Rady UE w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej dotyczących fakturowania i realizują przyświecający tym zmianom cel, tj. zrównanie traktowania faktur papierowych i elektronicznych oraz upowszechnienie wystawiania tych ostatnich.
Po pierwsze, w nowym rozporządzeniu zrezygnowano z zamkniętego katalogu dopuszczalnych technologii przesyłu faktur elektronicznych. Istotnym warunkiem pozostaje obowiązek zapewnienia autentyczności pochodzenia faktury i integralności jej treści, jednak podatnik zachowuje dowolność w sposobie realizacji tych wymagań.
Elektroniczna wymiana faktur może zatem następować w dowolnej formie, pod warunkiem uprzedniej akceptacji tego sposobu przesyłania faktur przez odbiorcę. Ta akceptacja dotychczas była sformalizowana (wymóg stosowania bezpiecznego podpisu elektronicznego lub zastosowania elektronicznej wymiany danych) – teraz zarówno akceptacja, jak i jej cofnięcie może być wyrażone w formie pisemnej lub elektronicznej (bez dodatkowych wymogów w postaci bezpiecznego podpisu elektronicznego, czy innych).
Co istotne, sposób wystawienia faktury (forma papierowa lub elektroniczna) nie determinuje już sposobu przechowywania. Faktury będą odtąd mogły być przechowywane w dowolny sposób, w podziale na okresy rozliczeniowe, w sposób zapewniający autentyczność pochodzenia, integralność treści, czytelność, łatwe odszukanie, bezzwłoczny dostęp na żądanie organu podatkowego lub organu kontroli skarbowej.
Faktury przesłane w formie elektronicznej będą mogły być przechowywane w formie elektronicznej poza terytorium kraju pod warunkiem zapewnienia organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej, za pomocą środków elektronicznych, dostępu on-line do tych faktur. Dotychczas taki sposób przechowywania dotyczył jedynie faktur wystawionych lub otrzymanych w formie elektronicznej (teraz dotyczy on faktur przesłanych w formie elektronicznej, choćby taką fakturę wystawiono w formie papierowej) oraz był obwarowany wymogiem uprzedniego pisemnego zawiadomienia naczelnika urzędu skarbowego bądź celnego o miejscu przechowywania faktur.
Należy oczekiwać, że uwaga organów skupi się wokół weryfikowania autentyczności pochodzenia i integralności treści faktur. Regulacja w tym zakresie została bowiem istotnie zliberalizowana, więc szczególnie ważna będzie praktyka, jaka się wykształci wśród podatników i organów podatkowych.