Nadrzędnym celem instytucji indywidualnej interpretacji prawa podatkowego jest ujednolicenie stosowania prawa podatkowego przez organy podatkowe oraz złagodzenie ryzyka związanego z realizacją przez podatnika praw i obowiązków wynikających z ustaw podatkowych. Występując o interpretację, podatnik chce uzyskać odpowiedź na pytanie, jaka norma jest właściwa dla przedstawionego stanu faktycznego. Jest to pewnego rodzaju pomoc prawna, spełniająca funkcję zarówno gwarancyjną, jak i ochronną, a wydana interpretacja realizuje swój cel tylko wtedy, gdy osoba pytająca uzyska wiedzę o prawidłowości, bądź nieprawidłowości przedstawionego przez siebie stanowiska. Dlatego też wydana interpretacja powinna odnosić się w pełni do przedstawionego we wniosku stanu faktycznego oraz – co ważne – zawierać ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem tej oceny.

Podatnicy we wniosku o indywidualną interpretację są zobowiązani przedstawić między innymi zaistniały stan faktyczny albo zdarzenie przyszłe oraz własne stanowisko w sprawie oceny prawnej tego stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego. Wnioskodawcy wielokrotnie wzmacniają swoją argumentację przywołując orzeczenia sądowe zapadłe w podobnych sprawach. Tymczasem w wielu interpretacjach indywidualnych organy podatkowe w odniesieniu do powoływanych orzeczeń stwierdzają, że orzeczenia w sprawach podatkowych zapadają w indywidualnych sprawach, a ich różnorodność jest odpowiedzią na różnorodność przedstawionych przez podatników stanów faktycznych, a ponadto organy podatkowe działają tylko na podstawie przepisów prawa.

Choć orzecznictwo sądowe nie ma w polskim systemie prawnym charakteru prawotwórczego, to w zakresie interpretacji podatkowych orzecznictwo to zyskuje szczególnie na znaczeniu. Zgodnie bowiem z art. 14a Ordynacji podatkowej, Minister właściwy do spraw finansów publicznych dąży do zapewnienia jednolitego stosowania prawa podatkowego przez organy podatkowe oraz organy kontroli skarbowej, dokonując w szczególności jego interpretacji, przy uwzględnieniu orzecznictwa sądów oraz Trybunału Konstytucyjnego lub Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości.

Jeszcze większą rolę pełnią orzeczenia sądów w eliminowaniu wadliwych interpretacji podatkowych. Zgodnie bowiem z art. 14e § 1 Ordynacji podatkowej, minister właściwy do spraw finansów publicznych może z urzędu zmienić wydaną interpretację ogólną lub indywidualną, jeżeli stwierdzi jej nieprawidłowość, uwzględniając w szczególności orzecznictwo sądów, Trybunału Konstytucyjnego lub Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości.

Powyższa zmiana art. 14e § 1 Ordynacji podatkowej wprowadzona z dniem 1 lipca 2007 r. nadaje orzecznictwu sądów administracyjnych walor normatywny także w stosunku do innych indywidualnych spraw załatwianych w drodze interpretacji indywidualnych. Skoro minister Finansów może zmienić z urzędu udzieloną interpretację indywidualną z powodu uwzględnienia orzecznictwa sądów, to tym bardziej powinien uwzględniać orzeczenia udzielając interpretacji indywidualnej, stwierdził WSA w wyroku z 26 lutego 2010 r. (sygn. I SA/Wr 1558/09).

Tak też, jeżeli organ wydający interpretacje indywidualne może w ramach działania ex oficio zmienić wydaną już uprzednio interpretację z racji stwierdzenia jej wadliwości w świetle orzecznictwa sądowego, to tym bardziej ma on obowiązek dokonywać analizy tego orzecznictwa w postępowaniu zmierzającym do wydania interpretacji, a zwłaszcza w przypadku, gdy na takowe orzecznictwo powołuje się osoba składająca wniosek o jej wydanie. Nie można bowiem przyjąć takiej wykładni powyższych przepisów, że z jednej strony ustawodawca nie nakłada na organ wydający interpretacje indywidualne obowiązku analizowania orzecznictwa zapadłego w innych sprawach dotyczącego analogicznych sytuacji prawnopodatkowych, a z drugiej strony przyjmuje, że pominięcie takiego orzecznictwa może być przyczyną zmiany wydanej interpretacji. Powyższa teza potwierdzona została między innymi w wyrokach: WSA w Warszawie z 20 stycznia 2009 r. (sygn. III SA/Wa 1916/08) oraz WSA w Rzeszowie z 4 marca 2010 r. (sygn, I SA/Rz 39/10).

Wydanie interpretacji indywidualnej, która zawiera niejednoznaczne stanowisko, czy też wybiórczo ustosunkowuje się do argumentacji podatnika, narusza zasadę prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, wynikającą z art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej. Wynika to z faktu, że powoływanie się przez podatnika na argumentację zawartą w określonym orzeczeniu sądowym powoduje, że staje się ona argumentacją strony, a zatem stanowi element stanowiska podatnika, wnioskującego o wydanie interpretacji podatkowej. Jak stwierdził WSA w wyroku z 8 kwietnia 2010 r. (sygn. I SA/Kr 210/10), brak odniesienia się do argumentacji podatnika, jest w istocie brakiem w zakresie oceny stanowiska podatnika.

Obowiązkowi podatnika polegającemu na konieczności przedstawienia własnego stanowiska w sprawie oceny prawnej stanu faktycznego odpowiada obowiązek organu przedstawienia oceny stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Powyższe oznacza, iż organ wydający interpretację indywidualną powinien odnieść się także do argumentacji podatnika przywołanej w postaci orzeczeń sądów, zwłaszcza z uwagi na fakt, że to właśnie sądy sprawują kontrolę działalności organów podatkowych poprzez orzekanie w sprawach skarg na interpretacje przepisów prawa podatkowego.

Reasumując, za niedopuszczalne uznać należy, nieuwzględnianie przez organy podatkowe wykładni przepisów potwierdzonej w utrwalonej linii orzeczniczej. Nieodniesienie się bowiem do przedstawionej we wnioskach ORD-IN argumentacji sądów jest de facto pominięciem argumentacji samego podatnika. To z kolei kwalifikuje takie postępowanie jako naruszenie obowiązku organu przedstawienia w interpretacji indywidualnej oceny stanu prawnego wnioskodawcy, a takie działanie organu narusza zasadę zaufania do organów podatkowych i jest sprzeczne z celami, które postawiono instytucji interpretacji indywidualnych.