Dotychczasowa praktyka ukształtowana na podstawie pisma Ministra Finansów z 30 grudnia 2004 r. Nr PP3-812-222/2004/AP/4026 wydanym na podstawie art. 14 § 1 pkt 2 przepisów Ordynacji podatkowej (Dz. U. nr 137 poz. 926 ze zm.) w obowiązującym w tamtym okresie brzmieniu, co do zasady przyjmowała, iż w przypadku, gdy premie pieniężne wypłacane są z tytułu dokonywania przez kontrahenta nabyć określonej wartości czy ilości towarów w określonym czasie oraz premie te nie są związane z żadną konkretną dostawą uznaje się, że wypłacona premia pieniężna związana jest z określonymi zachowaniami odbiorcy. Świadczenie takie przez kontrahenta otrzymującego premię uznano za usługę podlegająca opodatkowaniu podatkiem VAT według stawki 22%. W związku z tym prawidłowym zachowaniem było wystawianie przez kontrahenta otrzymującego premie faktur VAT za świadczenie usług podlegającej opodatkowaniu podatkiem VAT.

Wyroki sądów administracyjnych wydanych w roku 2007 m.in. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 6 lutego 2007 r. (sygn. akt I FSK 94/06), wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z 26 kwietnia 2007 r. (sygn. akt I SA/Po 287/07) wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 22 maja 2007 r. (sygn. akt III SA/Wa 4080/06) przyjęły odmienną interpretację charakteru wypłacanej premii. Zgodnie ze stanowiskiem sądów w przypadku otrzymywanych premii pieniężnych z tytułu dokonywania przez kontrahenta nabyć określonej wartości czy ilości towarów w określonym czasie, premie te nie są związane z wykonywaniem przez kontrahenta żadnych dodatkowych usług. Prawidłowym zachowaniem ze strony kontrahenta jest więc zdaniem sądów, dokumentowanie otrzymanej premii pieniężnej przy pomocy noty księgowej oraz traktowania otrzymanej kwoty bonusu jako przychodu niepodlegającego opodatkowaniu VAT.

Do chwili obecnej nie ma jednak jednolitej praktyki stosowanej przez organy podatkowe, z jednej strony Minister Finansów podtrzymał swoją interpretację z 2004 r. w piśmie z 28 grudnia 2007 r. stanowiącym odpowiedź na interpelację poselską nr 99 (PT3/0602/34/599/LBE/07/MB7-16001), z drugiej zaś, niektóre organy podatkowe śladem orzecznictwa sądów administracyjnych zajmują stanowisko, iż premie pieniężne powinny być traktowane poza VATem i w związku z tym dokumentowane za pomocą not księgowych. Dualizm podejścia stanowi problem w świetle przepisu art. 88 ust 3a punkt 2 ustawy o VAT, zgodnie z którym podatnik nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego w przypadku, gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku (zagadnienie to wymaga odrębnego komentarza) oraz kwestii prawa obniżenia podatku należnego przez sprzedawcę.

Niezależnie od podejścia prezentowanego przez organy podatkowe, ekonomicznym skutkiem wypłacania premii pieniężnych przez sprzedawców jest de facto zmniejszenie ich obrotu z tytułu sprzedaży. Należy jednak zwrócić uwagę, iż w sytuacji otrzymania faktury VAT za wypłaconą premię, sprzedawca odlicza podatek naliczony a tym samym obniża podatek należny wykazany od sprzedaży. W przypadku natomiast otrzymania noty księgowej z tytułu wypłaconej premii pieniężnej niezawierającej podatku VAT powstaje problem czy możliwe jest ze strony sprzedawcy zmniejszenie podatku należnego na podstawie otrzymanej noty obciążeniowej.

Moim zdaniem, w sytuacji otrzymania przez sprzedawcę not potwierdzających wypłacenie premii, ma on prawo do obniżenia obrotu z tytułu tej transakcji, a tym samym korzysta z prawa do obniżenia podatku należnego w rozliczeniu za miesiąc, w którym otrzymał notę obciążeniową. Sprzedawca ma bowiem prawo uznać, iż następuje obniżenie jego wynagrodzenia za sprzedaż towarów po dokonaniu transakcji, gdyż ekonomicznym rezultatem wypłaconej kwoty jest zmniejszenie pierwotnego wynagrodzenia sprzedawcy z tytułu dokonanej sprzedaży towarów na rzecz kontrahenta.
W tej sytuacji zastosowanie ma art. 29 ust. 4 ustawy o VAT, który stanowi, że obrót zmniejsza się o kwoty udokumentowanych, prawnie dopuszczalnych i obowiązkowych rabatów (bonifikat, opustów, uznanych reklamacji i skont) a także kwot wynikających z dokonanych korekt faktur. Jak wynika z cytowanego przepisu, dokumentowanie rabatów nie musi być koniecznie potwierdzone fakturą korygującą, sprzedawca powinien mieć  zatem prawo obniżyć swój obrót na podstawie innego dokumentu, w tym m.in. na podstawie otrzymanej noty księgowej.
Co ważne, ustawa o VAT nie wskazuje, iż jedynym sposobem obniżenia obrotu podatnika jest wystawienie faktury korygującej. Rabat ma zostać udokumentowany, a zgodnie z art. 29 ust 4 ustawy o VAT, „udokumentowanie” nie oznacza wystawienia faktury korygującej. Taki sposób wykładni przepisów, dowodzący iż rabat nie musi zostać udokumentowany fakturą korygującą, został również potwierdzony w orzecznictwie sądów administracyjnych. W wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 7 sierpnia 2007 r. (sygn. III SA/Wa 3856/06) Sąd wskazał, iż za nieuprawnione uznać należy stanowisko, iż konieczne jest wystawienie faktur korygujących, które dokumentowałyby udzielenie rabatu, gdyż jest to tylko jedna z możliwych form dokumentowania zmniejszenia obrotu.
Wskazać należy, iż również stanowisko Rzecznika Praw Obywatelskich, we wniosku do Trybunału Konstytucyjnego (z 6 października 2006 sygn.RPO-528692-VI/06/BP), który został rozpoznany przez Trybunał 11 grudnia 2007 r. (orzeczenie U 6/06), wskazuje, iż art. 29 ust. 4 ustawy o VAT wiąże zmniejszenie obrotu z kwotą udokumentowanych, prawnie dopuszczalnych i obowiązkowych rabatów. Nie określa natomiast, iż rabaty te muszą być udokumentowane fakturą korygującą. Mogą one zatem zostać udokumentowane także w inny sposób, który będzie podlegał kontroli organów podatkowych w toku ewentualnego postępowania. Tym samym sprzedawca powinien mieć prawo do zmniejszenia obrotu oraz kwot zadeklarowanego podatku należnego na podstawie otrzymanej noty księgowej.