Trzeba jednak pamiętać, że w celu zapewnienia bezpieczeństwa prawnego oraz podatkowego, każda e-faktura musi być wystawiona zgodnie z przepisami obowiązującego prawa.

Wystawiając fakturę elektroniczną należy pamiętać o spełnieniu wymogów określonych w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2010 r. w sprawie przesyłania faktur w formie elektronicznej, zasad ich przechowywania oraz trybu udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej (Dz. U. z 2010 r. Nr 249, poz. 1661). We wskazanym rozporządzeniu określono sposób i warunki przesyłania faktur w formie elektronicznej, jak również zasady przechowywania oraz tryb udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej faktur przesyłanych drogą elektroniczną.

Stosownie do § 3 ust. 1 cytowanego rozporządzenia, w celu umożliwienia wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej konieczne jest uzyskanie od odbiorcy faktury uprzedniej akceptacji tego sposobu fakturowania. Zgodna na wystawianie i przesyłanie e-faktury musi być udzielona przed pierwszym wystawieniem faktury na rzecz danego podmiotu. Akceptacja musi być udzielona w formie pisemnej lub elektronicznej. Nie jest tym samym możliwe wystawianie i przesyłanie e-faktury jedynie na podstawie ustnego porozumienia między wystawcą a odbiorcą faktury. Akceptacja jest składana jednorazowo i obowiązuje do momentu jej odwołania.

Jednocześnie obecne regulacja prawne wskazują, że faktury mogą być przesyłane, w tym udostępniane, w formie elektronicznej w dowolnym formacie elektronicznym. Jednocześnie ustawodawca zastrzegł, iż faktury mogą być przesyłane w formie elektronicznej pod warunkiem zapewnienia autentyczności pochodzenia i integralności treści faktury. Przez autentyczności pochodzenia faktury należy rozumieć pewność co do tożsamości dokonującego dostawy towarów lub usługodawcy albo wystawcy faktury. Natomiast integralności treści faktury oznacza, że w fakturze nie zmieniono danych, które powinna zawierać faktura.

Ustawodawca nie wskazuje bezpośrednio, w jaki sposób zapewnić autentyczność pochodzenia oraz integralność treści e-faktury. Co prawda jako przykład spełnienia tych warunków podano w przepisach faktury wystawione z zastosowaniem bezpiecznego podpisu elektronicznego, weryfikowanego za pomocą ważnego kwalifikowanego certyfikatu, lub też elektronicznej wymiany danych (EDI), jednak są to jedynie przykłady wymienione w przepisach. Tym samym każda inna elektroniczna forma jest uznawana za poprawną, o ile wystawiając fakturę wystawca jest w stanie zagwarantować, iż dane na wystawionej fakturze nie mogą być edytowane przez odbiorcę.

Jednocześnie aktualnie obowiązujące przepisy, w przeciwieństwie do regulacji, który regulowały wystawianie faktur elektronicznych do 31 grudnia 2010 r., nie wymagają wystawiania faktur korygujących w formie elektronicznej. Tym samym podatnik posiada wybór odnośnie formy wystawienia faktur elektronicznej. Możliwe jest wystawienie faktury korygującej w formie elektronicznej lub papierowej.

Co natomiast najważniejsze, przepisy rozporządzenia przewidują, że otrzymujący e-faktury może w dowolnym momencie cofnąć zgodę na otrzymywanie faktur w formie elektronicznej. W tym celu konieczne jest przesyłanie wystawcy faktur cofnięcia akceptacji w formie pisemnej lub elektronicznej. W przypadku cofnięcia akceptacji przez odbiorcę faktury wystawca e-faktury traci prawo do przesyłania temu odbiorcy faktur w formie elektronicznej od dnia następującego po dniu, w którym otrzymał powiadomienie od odbiorcy o cofnięciu akceptacji. Możliwe jest jednak, aby w drodze porozumienia między wystawcą a odbiorcą e-faktur uzgodnć inny termin utraty przez wystawcę prawa do przesyłania faktur w formie elektronicznej, nie dłuższy jednak niż 30 dni od złożenia oświadczenia o cofnięciu akceptacji.