Pojęcie magazynu konsygnacyjnego zostało natomiast zdefiniowane w art. 2 pkt 27 c ustawy o podatku od towarów i usług (zwanej dalej ustawą o VAT), zgodnie z którym przez magazyn konsygnacyjny należy rozumieć wyodrębnione u podatnika zarejestrowanego jako podatnik VAT UE, miejsce przechowywania na terytorium kraju towarów należących do podatnika podatku od wartości dodanej przemieszczonych przez niego lub na jego rzecz z terytorium państwa członkowskiego innego niż terytorium kraju do tego miejsca, z którego podatnik zarejestrowany jako podatnik VAT UE. Natomiast przechowujący towary, pobiera  je, a przeniesienie prawa do rozporządzania tymi towarami jak właściciel następuje w momencie ich pobrania.

W tym miejscu warto zwrócić uwagę, iż towar przemieszczany do magazynu konsygnacyjnego musi być przeznaczony dla określonego nabywcy i to już w momencie rozpoczęcia transportu lub wysyłki. Następnie musi trafić do magazynu, w którym są składowane wyłącznie towary dla tego samego nabywcy.

Przy czym w w art. 12 a ustawy o VAT ustawodawca precyzuje rozliczenie dostaw poprzez magazyn konsygnacyjny, zgodnie z którym przemieszczenie towarów przez podatnika podatku od wartości dodanej lub na jego rzecz, nieposiadającego siedziby, stałego miejsca prowadzenia działalności lub stałego miejsca zamieszkania na terytorium kraju, do magazynu konsygnacyjnego w celu ich dostawy prowadzącemu magazyn konsygnacyjny, oraz dostawę tych towarów, uważa się za wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów (WNT), o którym mowa w art. 9 ust. 1 ustawy o VAT. Jednakże, aby nabycie takie posiadało charakter WNT powinny być spełnione łącznie następujące warunki:

1) podatnik podatku od wartości dodanej nie jest zarejestrowany jako podatnik VAT czynny lub zwolniony;

2) przechowywane w magazynie konsygnacyjnym towary są przeznaczone do działalności produkcyjnej lub usługowej, z wyłączeniem działalności handlowej, przez prowadzącego magazyn konsygnacyjny;

3) prowadzący magazyn konsygnacyjny, przed pierwszym wprowadzeniem przez podatnika podatku od wartości dodanej towarów do tego magazynu, złożył w formie pisemnej naczelnikowi urzędu skarbowego zawiadomienie o zamiarze prowadzenia magazynu konsygnacyjnego;

4) prowadzący magazyn konsygnacyjny prowadzi ewidencję towarów wprowadzanych do tego magazynu, zawierającą datę ich wprowadzenia, datę pobrania towarów z magazynu, dane pozwalające na identyfikację towarów, a w przypadku, o którym mowa w art. 20b ust. 3 – także dane dotyczące powrotnego przemieszczenia.

Z kolei w sytuacji gdy towary przechowywane w magazynie konsygnacyjnym nie zostaną pobrane przez okres 24 miesięcy od dnia ich wprowadzenia do tego magazynu, uznaje się, że ich pobranie ma miejsce następnego dnia po upływie tego okresu. Natomiast w przypadku stwierdzenia braku przechowywanych w magazynie konsygnacyjnym towarów albo całkowitego ich zniszczenia uznaje się, że pobranie towarów miało miejsce w dniu, w którym towary opuściły magazyn albo zostały zniszczone, a jeżeli nie można ustalić tego dnia – w dniu, w którym stwierdzono ich brak albo ich zniszczenie.