Cytowane orzeczenie jest zbieżne ze stanowiskiem części organów podatkowych i sądów administracyjnych, zgodnie z którym skoro wskutek podwyższenia kapitału nie powstaje przychód w rozumieniu ustawy o PDOP, to wydatków związanych z takim podwyższeniem nie można zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów. Zdaniem Izby Skarbowej w Warszawie (pismo z dnia13 września 2005 r., nr PD-4230Z-567/05/ER) konsekwencją uregulowania zawartego w art. 12 ust. 4 pkt 4 ustawy o PDOP jest przyjęcie, iż „wydatki takie jak PCC oraz wynagrodzenie wypłacone notariuszowi w związku z powiększeniem kapitału zakładowego spółki nie stanowią kosztów uzyskania przychodów, o których mowa w art. 15 ust. 1 ustawy podatkowej, gdyż są związane z przychodem niepodlegającym opodatkowaniu podatkiem dochodowym.” Organy podatkowe powołują się w tej kwestii także na wyrok NSA z 1 marca 2000 r. (sygn. I SA/Wr 2285/98), który potwierdza to stanowisko.
W opinii autora prezentowane stanowiska sądów administracyjnych oraz organów podatkowych należy uznać za nieprawidłowe. Trzeba bowiem zaznaczyć, iż kosztami uzyskania przychodów są wszelkie koszty związane z przychodami, a więc obok nakładów bezpośrednich, również pośrednie wydatki, straty, wydatki niezbędne, które trzeba ponieść w relacji do któregoś z elementów nakładów bezpośrednich. Takie rozumienie kosztów uzyskania przychodu oparte jest na ich istocie ekonomicznej i dominuje w większości współczesnych ustawodawstw podatkowych (podobnie orzekł WSA w wyroku z dnia 11 sierpnia 2004 r.,sygn. I SA/Bk 159/04). Sąd słusznie odniósł się do aspektu ekonomicznego w zakresie zaliczenia danego wydatku do kosztów uzyskania przychodów. Dodatkowo celowym wydaje się przywołanie wyroku Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości (zwanego dalej ETS) z dnia 26 maja 2005 r. w sprawie C-465/03 Kretztechnik AG. W myśl postanowień orzeczenia, podatnicy mają prawo do odliczenia VAT od wydatków związanych z emisją akcji, mimo że sama emisja akcji jest operacją pozostającą poza zakresem przedmiotowym VAT. ETS, wydając powyższy wyrok, doszedł do wniosku, że podatek naliczony związany z podwyższeniem kapitału zakładowego i wprowadzeniem akcji do publicznego obrotu może być odliczony, bo wiąże się z ogólną działalnością podatnika. Pośrednio zatem ETS uznał, iż wydatki poniesione na podwyższenie kapitału zakładowego, należy zaliczyć do kosztów ogólnych działalności gospodarczej. Tym samym zasadną jest argumentacja, iż PCC stanowić będzie koszt uzyskania przychodów.
Identyczne stanowisko w kwestii zaliczenia PCC do kosztów uzyskania przychodów zajmuje część polskich sądów administracyjnych oraz organów podatkowych. Zgodnie z pismem Łódzkiego Urzędu Skarbowego z dnia 13 września 2007 r. (sygn. ŁUS-II-2-423/190/07) mimo, że wydatków, np. takich jak PCC, nie można wprost przyporządkować do określonego przychodu, stanowią one koszt uzyskania przychodów. Podobnie orzekał WSA w Lublinie w wyroku z dnia 7 marca 2007 r. (sygn. I SA/Lu 82/07) oraz WSA w Gliwicach w orzeczeniu z dnia 18 marca 2008 r. (sygn I SA/Gl 638/07).
Uwzględniając powyższe należy stwierdzić, iż zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa, podatnicy mają prawo do zaliczenia wydatków poniesionych na zapłatę PCC od podwyższenia kapitału zakładowego do kosztów uzyskania przychodów. Należy jednak mieć na uwadze, iż z uwagi na rozbieżności orzecznictwa w przedmiotowej kwestii, powyższa kwalifikacja może rodzić ryzyko sporu z organami podatkowym.