Nabywca towaru lub usługi posiada prawo do odliczenia podatku naliczonego, który wynika z faktur, duplikatów i dokumentów celnych. Przy czym przez faktury należy rozumieć oprócz faktur w formie papierowej również faktury elektronicznej. Natomiast faktury otrzymane drogą mailową w formacie PDF nie są fakturami elektronicznymi, dlatego nie stanowią podstawy do odliczenia podatku.
Zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r. w sprawie wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej, wystawienie oraz przesyłanie faktur przez podatników VAT w formie elektronicznej jest możliwe po uzyskaniu uprzedniej akceptacji odbiorcy faktury. Jednakże faktury będą mogły być wystawiane, przesyłane i przechowywane w formie elektronicznej pod warunkiem, że ich autentyczność będzie zagwarantowana bezpiecznym podpisem elektronicznym weryfikowanym za pomocą ważnego kwalifikowanego certyfikatu lub przez wymianę danych elektronicznych (EDI).
Jednocześnie, jak stwierdził Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w decyzji z dnia 4 czerwca 2007 r. (sygn. BI/4117-0033/07), istnieje możliwość przekazywania faktur przez podatnika w formie PDF, jednakże na gruncie przepisów prawa faktury te nie rodzą żadnych skutków prawnych. W takim przypadku mamy do czynienia wyłącznie z przekazaniem, do wiadomości odbiorcy, treści faktury, a nie wystawieniem i doręczeniem dokumentu, o którym mowa w art. 106 ust. 1 ustawy o VAT .Jedyną dopuszczalną formą dokumentowania transakcji sprzedaży, poza formą elektroniczną, jest wystawianie faktur VAT w formie papierowej.
Podobne stanowisko zajął Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 9 października 2007 r (sygn. akt III SA/Wa 1341/07). W cytowanym orzeczeniu sąd stwierdził, iż „obecnie obowiązujące przepisy rozporządzeń wykonawczych do ustawy o VAT, jak też przepisy Unii Europejskiej nie przewidują możliwości przesyłania faktur VAT w formie pliku PDF, jak również pobierania ich z serwera firmy, a potem drukowania” . Dokument wydrukowany z serwera sprzedawcy, ale niepotwierdzony tzw. podpisem kwalifikowanym, nie daje nabywcy prawa do odliczenia podatku wynikającego z tej faktury. Taki dokument nie spełnia wymogów przewidzianych dla faktur elektronicznych.
