Rejestracja podmiotu jako podatnika VAT-UE na terytorium kraju powoduje, iż powinien on posługiwać się przy dokonywaniu transakcji wewnątrzwspólnotowych NIP-em poprzedzonym kodem PL (art. 97 ust. 10 VATU). Z kolei brak rejestracji danego podmiotu jako podatnik VAT-UE implikuje pewne zmiany dotyczące rozliczenia wewnątrzwspólnotowego przemieszczenia towarów. Trzeba bowiem mieć na uwadze, iż w przypadku braku rejestracji dostawy jako podatnika VAT-UE przy dokonywaniu wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów, polskiemu dostawcy nie będzie przysługiwało prawo do opodatkowania przedmiotowej transakcji jako wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów opodatkowanej według stawki 0%. W tej sytuacji konieczne będzie opodatkowanie opisywanej dostawy jako transakcji krajowej z zastosowaniem stawki podatku VAT obowiązującej na terytorium kraju.  podatnikowi skorzystanie z prawa do zastosowania w przypadku tej transakcji 0% stawki VAT.

Natomiast w przypadku braku rejestracji polskiego nabywcy jako podatnika VAT-UE przy dokonywaniu tego typu transakcji to kontrahent unijny, do zrealizowanej dostawy nie będzie mógł zastosować 0% stawki podatku VAT. Zatem w tej sytuacji polski nabywca zostanie obciążony podatkiem VAT według stawki obowiązującej w danym kraju UE. W takim przypadku, podatnik unijny rozliczy dostawę towarów jako transakcję krajową. Nie oznacza to jednak, iż polski nabywca nie będzie zobowiązany do opodatkowania przedmiotowej transakcji jako wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Trzeba bowiem podkreślić, iż wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów ma miejsce w przypadku, gdy w wyniku dokonanej dostawy towary przemieszczane są z jednego z krajów UE na terytorium Polski, a nabywcą jest polski podatnik VAT, który wykorzystuje nabywane towary mają służyć wykonywaniu czynności gospodarczych tego podatnika. do  wykonywania czynności przez niego jako podatnika. Tym samym w ustawie brak jest zastrzeżenia, iż z wewnątrzwspólnotowym nabyciem mamy do czynienia tylko wówczas, gdy polski podatnik jest zarejestrowany jako podatnik VAT UE. Z racji powyższego polski podatnik, który jest nabywcą towarów od kontrahenta wspólnotowego w przypadku ich przemieszczenia z innego państwa członkowskiego do Polski powinien rozpoznać obowiązek podatkowy z tytułu WNT nawet w braku rejestracji jako podatnik VAT-UE. W tym miejscu warto podkreślić, iż w przypadku doliczenia przez kontrahenta unijnego podatku od wartości dodanej podatek ten powiększy podstawę opodatkowania WNT (art. 30 ust. 1 VATU).