Zgodnie z tą regulacją WDT ma miejsce, jeżeli dostawcą jest podatnik, który przed dniem dokonania pierwszej wewnątrzwspólnotowej dostawy zawiadomił naczelnika urzędu skarbowego o zamiarze wykonywania tych czynności oraz został zarejestrowany jako podatnik VAT-UE. Jednakże zgodnie z orzeczeniem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 29 lipca 2010 r. (III SA/Wa 600/10) powyższa regulacja jest sprzeczna z prawem wspólnotowym.

W ocenie WSA w Warszawie uzależnienie przez polskiego ustawodawcę w art. 42 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT uznania dostawy za WDT od legitymowania się przez podatnika numerem VAT-UE, niezależnie od faktycznego dokonania tej dostawy narusza zasadę neutralności opodatkowania podatkiem od towarów i usług i zasadę proporcjonalności prawa wspólnotowego. Sąd zwrócił uwagę, iż w rozstrzyganej sprawie podatnik mimo braku numeru VAT-UE wykazał dostawy towarów w korektach deklaracji VAT jako wewnątrzwspólnotowe dostawy towarów, a zatem istniała możliwość zweryfikowania tych transakcji przez organ podatkowy, który z treści deklaracji mógł ustalić, że podatnik ten deklaruje wykonywanie tych czynności. Ponadto podatnik ten posługiwał się numerem NIP nadanym mu dla potrzeb transakcji krajowych, tym samym spełniony został wymóg identyfikacji podatnika o którym mowa w art. 214 ust. 1 lit a) Dyrektywy 112.

Ponadto WSA w Warszawie wskazał, iż z treści art. 138 ust. 1 Dyrektywy 112 wynika, że do uznania dostawy, która wystąpiła w rzeczywistości, za wewnątrzwspólnotową dostawę towarów, konieczne jest ażeby dostawca był podatnikiem podatku VAT oraz, żeby odbiorca także był takim podatnikiem. Jest to warunek materialnoprawny i jego spełnienie pozwala na zachowanie neutralności opodatkowania podatkiem VAT. Prowadzi to do wniosku, że specjalna dodatkowa rejestracja podatkowa zarejestrowanego podatnika dla celów transakcji wewnątrzwspólnotowych, która była przedmiotem niniejszej sprawy, ma charakter czysto formalny. Wymóg ten jako wymóg formalny nie mógł przesądzać w niniejszej sprawie o pozbawieniu podatnika, który spełni warunki materialne do uznania dostawy za dostawę wewnątrzwspólnotową, prawa do zastosowania stawki 0%, gdyż godziłoby to w zasadę neutralności opodatkowania podatkiem VAT. Przyjęcie tego rodzaju „sankcji” za obowiązującą naruszałoby zasadę neutralności, gdyż uzyskany skutek w postaci pozbawienia podatnika prawa stosowania stawki 0%, byłby niewspółmiernie dolegliwy w stosunku do potrzeby zapewnienia realizacji celów wskazanych w art. 216 Dyrektywy 112.

Z tych wszystkich względów Sąd uznał, że przepis art. 42 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT w zakresie w jakim pozbawia zarejestrowanego podatnika prawa do zastosowania stawki 0% w stosunku do dokonanych przez niego dostaw wewnątrzwspólnotowych, z tego tylko powodu że podatnik ten nie uzyskał numeru VAT UE, jest niezgodny z art. 138 ust. 1 Dyrektywy 112.

Warto również zwrócić uwagę, iż omawiane orzeczenie nie jest pierwszym, które wskazuje na brak konieczności rejestracji jako podatnik VAT UE w celu opodatkowania WDT stawką 0%. Podobnie orzekał również WSA w Warszawie w wyroku z dnia 22 lutego 2010 r. (sygn. akt III SA/Wa 1120/09) oraz NSA w wyroku z dnia 11 marca 2010 r. (sygn. akt I FSK 1941/08).