W myśl rozporządzenia MF jak również zgodnie ze stanowiskiem organów podatkowych w tym zakresie, faktury przechowywanej w systemie księgowym, na dysku w komputerze bądź sieci firmowej nie można uznać za fakturę w formie elektronicznej. E- fakturą jest tylko dokument wystawiony i przechowywany zgodnie z procedurą przewidzianą w rozporządzeniu MF. Zgodnie z przepisami w tym zakresie, zanim wystawca faktur rozpocznie ich wystawnie w formie elektronicznej, musi uzyskać akceptację od odbiory faktury (nabywcy towarów bądź usług). Akceptacja ta może zostać wyrażona w formie pisemnej bądź poprzez środki komunikacji elektronicznej, nie jest jednak dopuszczalna forma ustna. Dopiero od dnia następnego po uzyskaniu akceptacji od nabywcy, sprzedawca może wystawiać oraz przesyłać faktury VAT w formie elektronicznej. Może się wiec zdarzyć, iż nie wszyscy kontrahenci/ nabywcy wyrażą zgodę na otrzymywanie faktur w formie elektronicznej, w związku z tym podatnik będzie w dalszym ciągu zobowiązany do wystawiania faktur papierowych dla niewielkiej grupy swoich kontrahentów.

Ustawodawca uregulował również sposób przesyłania do kontrahenta faktury w formie elektronicznej, pozostawiając bezspornym, iż przesłana faktura pocztą email nie spełnia wymogów przewidzianych w rozporządzenie MF.  Jak podkreślił Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w indywidualnej interpretacji z 23 października 2009 r (sygnatura ITPP2/443-622b/09/AK) „ze sformalizowanym wystawianiem, przesyłaniem i przechowywaniem faktur w drodze elektronicznej, uregulowanym w rozporządzenie MF, mylić nie można informacyjnego (grzecznościowego) przesyłania sobie przez kontrahentów drogą elektroniczną faktur, mającego na celu wcześniejsze dokonywanie rozliczeń i płatności. Dokument taki, zarówno przechowywany na nośnikach elektronicznych, jak i po wydrukowaniu, nie jest fakturą w rozumieniu przepisów ustawy o VAT i nie ma rodzącej określone prawa i obowiązki, jej mocy prawnej”. W tym zakresie ustawodawca bowiem określił warunki techniczne jakie muszą być spełnione, aby faktury VAT mogły być wystawione, przesyłane oraz przechowywane w formie elektronicznej. Warunkiem koniecznym jest gwarancja autentyczności pochodzenia faktur oraz integralności ich treści. Gwarancję tą wg ustawodawcy daje zastosowanie bezpiecznego podpisu elektronicznym w rozumieniu art. 3 pkt 2 ustawy z dnia 18 września 2001 r. o podpisie elektronicznym, weryfikowanego za pomocą ważnego kwalifikowanego certyfikatu, bądź też wymianę danych elektronicznych zgodnie ze standardami EDI.

W obu przypadkach konieczne jest podjęcie przez podatnika dodatkowych kroków przed wprowadzeniem uproszczenia w fakturowaniu. W pierwszym przypadku podatnik musi skontaktować się z odpowiednią firmą wydającą bezpieczny podpis elektroniczny, przejść ich procedury, a w drugim z kolei konieczne jest skontaktowanie się z dostawcą oferującym przesyłanie i archiwizowanie dokumentów elektronicznych w standardzie EDI, podpisanie z nim stosowanej umowy oraz korzystanie z jego serwerów jako archiwum, do którego dostęp będzie miał zarówno wystawca jak i odbiorca faktury. W obu zatem przypadkach podatnik musi ponieść koszty z tym związane.

Polski ustawodawca określił również, że faktury wystawione lub otrzymane w formie elektronicznej mogą bądź przechowane zarówno na terytorium kraju, jak również na terytorium innego państwa członkowskiego. W tym drugim jednak przypadku, podatnik zobowiązany jest do uprzedniego poinformowania odpowiedni organ podatkowy w formie pisemnej o miejscu ich przechowywania (adresie, a w przypadku gdy adres odnosi się do innego podmiotu niż podmiot, który wystawił lub otrzymał fakturę – również o nazwie tego podmiotu). W przypadku jakiejkolwiek zmiany dotyczącej miejsca przechowywania faktur elektronicznych należy zawiadomić organ podatkowy nie później niż w terminie 7 dni od zaistnienia zmiany.

Podatnik wystawiający faktury w formie elektronicznej oraz odpowiednio je archiwizujący, na żądanie organów podatkowych oraz organów kontroli skarbowej ma obowiązek zapewnić tym organom natychmiastowy, pełny oraz ciągły dostęp drogą elektroniczną do tych faktur. W szczególności podatnik ma obowiązek zapewnienia możliwości udokumentowanego poboru i wykorzystania tych faktur poprzez ich wydruk oraz zapewnienie czytelności tych faktur.

Należy wskazać, iż natychmiastowy, pełny oraz ciągły dostęp drogą elektroniczną polega na udostępnieniu przez podatnika organowi – na jego uprzednie żądanie – np. stanowiska komputerowego w siedzibie podatnika lub innym miejscu wskazanym przez podatnika na terytorium kraju, na którym kontrolujący będzie miał dostęp do wystawionych przez podatnika  e-faktur. Zgodnie z wyrokiem NSA z 26 lutego 2009 r. (sygnatura I FSK 1612/07) tylko taki sposób należy uznać za natychmiastowy, pełny i ciągły dostęp z wykorzystaniem technik teletransmisji przewodowej, radiowej, technologii optycznych lub innych elektromagnetycznych środków.

Poruszając zagadnienia związane z wystawianiem oraz przechowywaniem faktur w formie elektronicznej należy również wskazać najnowszy wyrok NSA z 3 listopada 2009 r. (sygn. Akt I FSK 1169/08). W przedmiotowej sprawie podatnik wystawiał faktury dokumentujące sprzedaż a następnie drukował je i wysyłał w formie papierowej oryginał do kontrahenta, natomiast ze względu na ilość wystawianych dokumentów kopia nie była drukowana, natomiast przechowywana w systemie księgowym. NSA uznał w przedmiotowej sprawie, iż przepisy wykonawcze do ustawy o VAT nie nakazują posiadania wyłącznie papierowych kopii faktur, a tym samym nie zabraniają przechowywania faktur w systemie komputerowym. Pokonując wykładni przepisów podatkowych w tym zakresie, NSA uznał, iż „przepisy dyrektywy 2006/112/WE nie zawierają bezwzględnego obowiązku przechowywania kopii faktur w takiej samej formie w jakiej są wysyłane. Jedyne co można w tej materii wywnioskować z dyrektywy to to, że kopia faktury może być przechowywana w formie papierowej lub elektronicznej. Trafne jest zatem stwierdzenie, iż nieuprawnione jest utożsamianie czynności „wystawienia” i „przesłania” faktury. Są to dwie odrębne czynności”. Zdaniem NSA porównanie zapisu § 23 ust. 2 (obecnie § 21 ust. 2 rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług z 28 listopada 2008 r.) z art. 247 ust. 2 dyrektywy 2006/112/WE prowadzi do wniosku, że polski normodawca nie recypował dokładnie zapisu tej normy. Pominięcie zwrotu „w jakiej zostały przesłane lub udostępnione” otwiera pole do niejednoznacznej wykładni językowej. Zauważyć należy, że w żadnym przepisie rozporządzenia nie mówi się o drukowanej kopii faktury. Oznacza to, że normodawca nie zastrzegł formy drukowanej jako jedynej możliwej do przechowywania. Sąd podkreślił, iż jeżeli podatnik będzie mógł wydrukować kopię faktury, na każde żądanie kontrolującego, to funkcja dokumentacyjna zostanie spełniona. Z wyroku wynika, iż możliwe jest wysyłanie oryginałów faktur do kontrahentów w wersji papierowej, natomiast przechowywanie kopii na celów ustalenia zobowiązania podatkowego oraz ewentualnej kontroli może mieć miejsca tylko w systemie księgowym na komputerze.