Na ,,popularność” konsorcjum wpływa brak trwałego charakteru współpracy uczestników.

Na gruncie podatku VAT pomiędzy podatnikami a fiskusem toczy się spór czy konsorcjum jest podatnikiem podatku VAT z uwagi na szeroką formułę ,,jednostki organizacyjnej nieposiadającej osobowości prawnej”. Dodatkowo, odmowa rejestracji konsorcjum jako podatnika VAT narusza zasadę praworządności i zasadę równości. Z uwagi na niekorzystne dla podatników podejście organów podatkowych, w praktyce konsorcjum reprezentowane jest przez lidera co zapewnia prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony przez uczestników konsorcjum. Problematyczne w tym zakresie mogą być jedynie kwestie dotyczące ewentualnego opodatkowania podatkiem VAT nieodpłatnych świadczeń pomiędzy poszczególnymi uczestnikami konsorcjum – niestety również w tym zakresie mamy do czynienia z niejednolitym stanowiskiem fiskusa.

Kolejną wątpliwością jaka może powstać w związku z umowa konsorcjum jest ewentualny obowiązek sporządzenia dokumentacji cen transferowych, gdyż w wyniku zmian od 1 stycznia 2015 r. obowiązkiem dokumentacyjnym objęte są również umowy wspólnego przedsięwzięcia. Nieuregulowanie w Polskich przepisach konsorcjum może spowodować kwestionowanie niektórych umów konsorcjum przez organy podatkowe jako umów wspólnego przedsięwzięcia co w konsekwencji zakończy się żądaniem przedstawienia dokumentacji cen transferowych.

Niejednoznaczność postrzegania konsorcjum a także uczestników konsorcjum w Polskich przepisach podatkowych skutkuje niewątpliwie złamaniem zasady równości, jednej z naczelnych zasad prawa Unii Europejskiej.